Regulatory and functional architecture of 'Nested-Sensitivity' microexon programs

Informations projet

NESTEDMICS

N° de convention de subvention: 101002275

DOI

10.3030/101002275

Projet clôturé

Date de signature de la CE 7 Mai 2021

Date de début 1 Juillet 2021

Date de fin 30 Juin 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 974 541,00

Contribution de l’UE

€ 1 974 541,00

Coordonné par

UNIVERSIDAD POMPEU FABRA
Spain

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Publications

Peer reviewed articles (16)

Core splicing architecture and early spliceosomal recognition determine microexon sensitivity to SRRM3/4

Auteurs: Sophie Bonnal, Simon Bajew, Rosa Martinez-Corral, Manuel Irimia
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, 2026, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2024.09.17.613571

Parallel evolution of a splicing program controlling neuronal excitability in flies and mammals

Auteurs: Torres-Méndez, A., Pop, S., Bonnal, S., Almudi, I., Roberts, R.J.V., Paolantoni, C., Alcaina, A., Avola, A., Martín-Anduaga, A., Haussmann, I.U., Morin, V., Casares, F., Soller, M., Kadener, S., Roignant, J.-Y., Prieto-Godino, L., Irimia, M.
Publié dans: Science Advances, Numéro 8, 2022, Page(s) eabk0445, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abk0445

Neuronal microexons modulate arousal via the cAMP-PKA-CREB pathway in zebrafish

Auteurs: Tahnee Mackensen, Luis Pedro Iñiguez, Thomas Soares Mullen, Cristina Rodriguez-Marin, François Kroll, Giulia Zuccarini, Jordi Fernandez-Albert, Laia Sancho-Vila, Jon Permanyer, Isaac H. Bianco, Michael Orger, Jason Rihel, Manuel Irimia
Publié dans: Science Advances, Numéro 12, 2026, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.ady8291

A highly conserved neuronal microexon in DAAM1 controls actin dynamics, RHOA/ROCK signaling, and memory formation

Auteurs: Patryk Poliński, Marta Miret Cuesta, Alfonsa Zamora-Moratalla, Federica Mantica, Gerard Cantero-Recasens, Davide Normanno, Luis P. Iñiguez, Cruz Morenilla-Palao, Patricia Ordoño, Sophie Bonnal, Jonathan D Ellis, Raúl Gómez Riera, María Martínez De Lagrán Cabredo, Álvaro Fernández-Blanco, Cristina Rodríguez-Marin, Jon Permanyer, Orsolya Fölsz, Eduardo Dominguez-Sala, Cesar Sierra, Diana
Publié dans: Nature Communications, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.01.12.523772

Unique transcriptomes of sensory and non-sensory neurons: insights from Splicing Regulatory States

Auteurs: Ludovica Ciampi, Luis Serrano, Manuel Irimia
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) 296-310, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00020-1

A highly conserved neuronal microexon in DAAM1 controls actin dynamics, RHOA/ROCK signaling, and memory formation

Auteurs: Patryk Poliński, Marta Miret Cuesta, Alfonsa Zamora-Moratalla, Federica Mantica, Gerard Cantero-Recasens, Carlotta Viana, Miguel Sabariego-Navarro, Davide Normanno, Luis P. Iñiguez, Cruz Morenilla-Palao, Patricia Ordoño, Sophie Bonnal, Jonathan D. Ellis, Raúl Gómez-Riera, Hugo Fanlo-Ucar, Dominic S. Yap, María Martínez De Lagrán, Álvaro Fernández-Blanco, Cristina Rodríguez-Marin, Jon Pe
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59430-w

<i>Insplico</i>: Effective computational tool for studying intron splicing order genome-wide with short and long RNA-seq reads

Auteurs: Andre Gohr; Antonio Torres-Méndez; Sophie Bonnal; Manuel Irimia
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 51, 2023, Page(s) e56, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2022.08.15.503947

Specialization of the photoreceptor transcriptome by Srrm3-dependent microexons is required for outer segment maintenance and vision.

Auteurs: Ciampi, L., Mantica, F., Lopez-Blanch, L., Rodríguez-Marin, C., Cianferoni, D., Zang, J., Permanyer, J., Jiménez-Delgado, S., Bonnal, S., Miravet-Verde, S., Ruprecht, V., Neuhauss, S.C.F., Banfi, S., Carrella, S., Serrano, L., Head, S.A., Irimia, M.
Publié dans: Proc Natl Acad Sci U S A, Numéro 119(29), 2022, Page(s) e2117090119, ISSN 1091-6490
Éditeur: National Academy of Science
DOI: 10.1073/pnas.2117090119

From Tiny Exons to Big Insights: The Expanding Field of Microexons

Auteurs: Tahnee Mackensen, Manuel Irimia
Publié dans: Annual Review of Genomics and Human Genetics, Numéro 26, 2026, Page(s) 77-102, ISSN 1527-8204
Éditeur: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-genom-121323-103648

Evolutionary diversification of ancestral genes across vertebrates and insects

Auteurs: Federica Mantica, Manuel Irimia
Publié dans: Genome Biology, 2026, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central (Springer Nature)
DOI: 10.1101/2024.06.11.598551

Phenotypic impact of individual conserved neuronal microexons and their master regulators in zebrafish

Auteurs: Laura Lopez-Blanch, Cristina Rodríguez-Marin, Federica Mantica, Luis P Iñiguez, Jon Permanyer, Elizabeth M Kita, Tahnee Mackensen, Mireia Codina-Tobias, Francisco Romero-Ferrero, Jordi Fernandez-Albert, Myriam Cuadrado, Xosé R Bustelo, Gonzalo de Polavieja, Manuel Irimia
Publié dans: eLife, Numéro 13, 2026, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.104275.3

Genetic regulation of RNA splicing in human pancreatic islets

Auteurs: Goutham Atla; Silvia Bonàs-Guarch; Mirabai Cuenca-Ardura; Anthony Beucher; Daniel J. M. Crouch; Javier Garcia-Hurtado; Ignasi Moran; Miriam Cnop; Lena Eliasson; Jonathan Lou S. Esguerra; Décio L. Eizirik; Leif Groop; Thomas S. Jensen; Torben Hansen; Piero Marchetti; Josep M. Mercader; Hindrik Mulder; Chris R. Stabile-Barnett; Christian Thirion; David Torrents; Manuel Irimia; Rashmi B. Prasad; An
Publié dans: Genome Biology, 23(1). BMC, Numéro 2, 2022, ISSN 1474-760X
Éditeur: BMC
DOI: 10.1186/s13059-022-02757-0

Pancreatic microexons regulate islet function and glucose homeostasis

Auteurs: Jonàs Juan-Mateu, Simon Bajew, Luis P. Íñiguez, Amaya Lopez-Pascual, Sophie Bonnal, Goutham Atla, Sílvia Bonàs-Guarch, Jorge Ferrer, Juan Valcárcel, Manuel Irimia
Publié dans: Nature Metabolism, Numéro 5, 2023, Page(s) 219–236, ISSN 2522-5812
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42255-022-00734-2

<scp>ARC</scp> Expands the <scp>DAAM1</scp> Microexon‐Mediated Actin– <scp>RHOA</scp> / <scp>ROCK</scp> Interplay

Auteurs: Patryk Poliński, Marta Miret Cuesta, Manuel Irimia
Publié dans: Cytoskeleton, Numéro 83, 2026, Page(s) 123-127, ISSN 1949-3584
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/cm.22051

Gene Duplication and Alternative Splicing as Evolutionary Drivers of Proteome Specialization

Auteurs: Federica Mantica, Manuel Irimia
Publié dans: BioEssays, Numéro 47, 2025, ISSN 0265-9247
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.202400202

Alternative splicing decouples local from global PRC2 activity

Auteurs: Niccolò Arecco, Ivano Mocavini, Enrique Blanco, Cecilia Ballaré, Elina Libman, Sophie Bonnal, Manuel Irimia, Luciano Di Croce
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 84, 2025, Page(s) 1049-1061.e8, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.02.011