DNA binding specificity in-vivo

Informations projet

bInDR

N° de convention de subvention: 101018688

DOI

10.3030/101018688

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Mai 2021

Date de début 1 Juin 2021

Date de fin 31 Mai 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 500 000,00

Coordonné par

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Intrinsically disordered regions as facilitators of the transcription factor target search

Auteurs: Felix Jonas, Yoav Navon, Naama Barkai
Publié dans: Nature Reviews Genetics, Numéro 26, 2025, Page(s) 424-435, ISSN 1471-0056
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-025-00816-3

Complementary strategies for directing in vivo transcription factor binding through DNA binding domains and intrinsically disordered regions

Auteurs: Divya Krishna Kumar, Felix Jonas, Tamar Jana, Sagie Brodsky, Miri Carmi, Naama Barkai
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 83, 2026, Page(s) 1462-1473.e5, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.04.002

Spatially resolved profiling of steroid nuclear receptors reveals a role for the disordered N-terminal domains in genome targeting and AP-1 interaction

Auteurs: Inbal Zigdon, Achinoam Shoham, Vladimir Mindel, Wajd Manadre, David Jan, Beniamin Krupkin, Dekel Yahav Har-Shai, Yaron Antebi, Naama Barkai
Publié dans: Genome Research, 2026, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.280896.125

The architecture of binding cooperativity between densely bound transcription factors

Auteurs: Offir Lupo, Divya Krishna Kumar, Rotem Livne, Michal Chappleboim, Idan Levy, Naama Barkai
Publié dans: Cell Systems, Numéro 14, 2025, Page(s) 732-745.e5, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2023.06.010

The molecular grammar of protein disorder guiding genome-binding locations

Auteurs: Felix Jonas, Miri Carmi, Beniamin Krupkin, Joseph Steinberger, Sagie Brodsky, Tamar Jana, Naama Barkai
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 51, 2023, Page(s) 4831-4844, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad184

Evolution of transcription factor binding through sequence variations and turnover of binding sites

Auteurs: Gat Krieger, Offir Lupo, Patricia Wittkopp, Naama Barkai
Publié dans: Genome Research, 2021, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.276715.122

Engineering intrinsically disordered regions for guiding genome navigation

Auteurs: Jing Liu, Divya Krishna Kumar, Bohdana Hurieva, Felix Jonas, Naama Barkai
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 86, 2026, Page(s) 851-867.e5, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2026.01.019

Design principles of transcription factors with intrinsically disordered regions

Auteurs: Wencheng Ji, Ori Hachmo, Naama Barkai, Ariel Amir
Publié dans: eLife, Numéro 14, 2026, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.104956

Disordered sequences of transcription factors regulate genomic binding by integrating diverse sequence grammars and interaction types

Auteurs: Bohdana Hurieva, Divya Krishna Kumar, Rotem Morag, Offir Lupo, Miri Carmi, Naama Barkai, Felix Jonas
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 8763-8777, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae521

Selective association of short tandem repeats with DNA-binding domains and intrinsically disordered regions of transcription factors

Auteurs: Matan Vidavski, Sagie Brodsky, Wajd Manadre, Tamar Jana Lang, Vladimir Mindel, Yoav Navon, Naama Barkai
Publié dans: Cell Systems, Numéro 16, 2025, Page(s) 101349, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2025.101349

Intrinsically disordered regions of the Msn2 transcription factor encode multiple functions using interwoven sequence grammars

Auteurs: Vladimir Mindel, Sagie Brodsky, Aileen Cohen, Wajd Manadre, Felix Jonas, Miri Carmi, Naama Barkai
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 2260-2272, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad1191

Rtt109 promotes nucleosome replacement ahead of the replication fork

Auteurs: Felix Jonas , Gilad Yaakov , Naama Barkai
Publié dans: Genome Research, 2022, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.276674.122

Massively parallel binding assay (MPBA) reveals limited transcription factor binding cooperativity, challenging models of specificity

Auteurs: Tamar Jana Lang, Sagie Brodsky, Wajd Manadre, Matan Vidavski, Gili Valinsky, Vladimir Mindel, Guy Ilan, Miri Carmi, Felix Jonas, Naama Barkai
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 12227-12243, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae846

Revisiting the model for coactivator recruitment: Med15 can select its target sites independent of promoter-bound transcription factors

Auteurs: Vladimir Mindel, Sagie Brodsky, Hadas Yung, Wajd Manadre, Naama Barkai
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 12093-12111, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae718