DNA binding specificity in-vivo

Projektinformationen

bInDR

ID Finanzhilfevereinbarung: 101018688

DOI

10.3030/101018688

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 19 Mai 2021

Startdatum 1 Juni 2021

Enddatum 31 Mai 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 500 000,00

EU-Beitrag

€ 2 500 000,00

Koordiniert durch

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

Intrinsically disordered regions as facilitators of the transcription factor target search

Autoren: Felix Jonas, Yoav Navon, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Nature Reviews Genetics, Ausgabe 26, 2025, Seite(n) 424-435, ISSN 1471-0056
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-025-00816-3

Complementary strategies for directing in vivo transcription factor binding through DNA binding domains and intrinsically disordered regions

Autoren: Divya Krishna Kumar, Felix Jonas, Tamar Jana, Sagie Brodsky, Miri Carmi, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 83, 2026, Seite(n) 1462-1473.e5, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.04.002

Spatially resolved profiling of steroid nuclear receptors reveals a role for the disordered N-terminal domains in genome targeting and AP-1 interaction

Autoren: Inbal Zigdon, Achinoam Shoham, Vladimir Mindel, Wajd Manadre, David Jan, Beniamin Krupkin, Dekel Yahav Har-Shai, Yaron Antebi, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Genome Research, 2026, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.280896.125

The architecture of binding cooperativity between densely bound transcription factors

Autoren: Offir Lupo, Divya Krishna Kumar, Rotem Livne, Michal Chappleboim, Idan Levy, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 14, 2025, Seite(n) 732-745.e5, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2023.06.010

The molecular grammar of protein disorder guiding genome-binding locations

Autoren: Felix Jonas, Miri Carmi, Beniamin Krupkin, Joseph Steinberger, Sagie Brodsky, Tamar Jana, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 51, 2023, Seite(n) 4831-4844, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad184

Evolution of transcription factor binding through sequence variations and turnover of binding sites

Autoren: Gat Krieger, Offir Lupo, Patricia Wittkopp, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Genome Research, 2021, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.276715.122

Engineering intrinsically disordered regions for guiding genome navigation

Autoren: Jing Liu, Divya Krishna Kumar, Bohdana Hurieva, Felix Jonas, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 86, 2026, Seite(n) 851-867.e5, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2026.01.019

Design principles of transcription factors with intrinsically disordered regions

Autoren: Wencheng Ji, Ori Hachmo, Naama Barkai, Ariel Amir
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 14, 2026, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.104956

Disordered sequences of transcription factors regulate genomic binding by integrating diverse sequence grammars and interaction types

Autoren: Bohdana Hurieva, Divya Krishna Kumar, Rotem Morag, Offir Lupo, Miri Carmi, Naama Barkai, Felix Jonas
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 8763-8777, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae521

Selective association of short tandem repeats with DNA-binding domains and intrinsically disordered regions of transcription factors

Autoren: Matan Vidavski, Sagie Brodsky, Wajd Manadre, Tamar Jana Lang, Vladimir Mindel, Yoav Navon, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 16, 2025, Seite(n) 101349, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2025.101349

Intrinsically disordered regions of the Msn2 transcription factor encode multiple functions using interwoven sequence grammars

Autoren: Vladimir Mindel, Sagie Brodsky, Aileen Cohen, Wajd Manadre, Felix Jonas, Miri Carmi, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 2260-2272, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad1191

Rtt109 promotes nucleosome replacement ahead of the replication fork

Autoren: Felix Jonas , Gilad Yaakov , Naama Barkai
Veröffentlicht in: Genome Research, 2022, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.276674.122

Massively parallel binding assay (MPBA) reveals limited transcription factor binding cooperativity, challenging models of specificity

Autoren: Tamar Jana Lang, Sagie Brodsky, Wajd Manadre, Matan Vidavski, Gili Valinsky, Vladimir Mindel, Guy Ilan, Miri Carmi, Felix Jonas, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 12227-12243, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae846

Revisiting the model for coactivator recruitment: Med15 can select its target sites independent of promoter-bound transcription factors

Autoren: Vladimir Mindel, Sagie Brodsky, Hadas Yung, Wajd Manadre, Naama Barkai
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 12093-12111, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae718