DNA binding specificity in-vivo

Informazioni relative al progetto

bInDR

ID dell’accordo di sovvenzione: 101018688

DOI

10.3030/101018688

Progetto chiuso

Data della firma CE 19 Maggio 2021

Data di avvio 1 Giugno 2021

Data di completamento 31 Maggio 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 500 000,00

Contributo UE

€ 2 500 000,00

Coordinato da

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (14)

Intrinsically disordered regions as facilitators of the transcription factor target search

Autori: Felix Jonas, Yoav Navon, Naama Barkai
Pubblicato in: Nature Reviews Genetics, Numero 26, 2025, Pagina/e 424-435, ISSN 1471-0056
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-025-00816-3

Complementary strategies for directing in vivo transcription factor binding through DNA binding domains and intrinsically disordered regions

Autori: Divya Krishna Kumar, Felix Jonas, Tamar Jana, Sagie Brodsky, Miri Carmi, Naama Barkai
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 83, 2026, Pagina/e 1462-1473.e5, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.04.002

Spatially resolved profiling of steroid nuclear receptors reveals a role for the disordered N-terminal domains in genome targeting and AP-1 interaction

Autori: Inbal Zigdon, Achinoam Shoham, Vladimir Mindel, Wajd Manadre, David Jan, Beniamin Krupkin, Dekel Yahav Har-Shai, Yaron Antebi, Naama Barkai
Pubblicato in: Genome Research, 2026, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.280896.125

The architecture of binding cooperativity between densely bound transcription factors

Autori: Offir Lupo, Divya Krishna Kumar, Rotem Livne, Michal Chappleboim, Idan Levy, Naama Barkai
Pubblicato in: Cell Systems, Numero 14, 2025, Pagina/e 732-745.e5, ISSN 2405-4712
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2023.06.010

The molecular grammar of protein disorder guiding genome-binding locations

Autori: Felix Jonas, Miri Carmi, Beniamin Krupkin, Joseph Steinberger, Sagie Brodsky, Tamar Jana, Naama Barkai
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 51, 2023, Pagina/e 4831-4844, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad184

Evolution of transcription factor binding through sequence variations and turnover of binding sites

Autori: Gat Krieger, Offir Lupo, Patricia Wittkopp, Naama Barkai
Pubblicato in: Genome Research, 2021, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.276715.122

Engineering intrinsically disordered regions for guiding genome navigation

Autori: Jing Liu, Divya Krishna Kumar, Bohdana Hurieva, Felix Jonas, Naama Barkai
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 86, 2026, Pagina/e 851-867.e5, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2026.01.019

Design principles of transcription factors with intrinsically disordered regions

Autori: Wencheng Ji, Ori Hachmo, Naama Barkai, Ariel Amir
Pubblicato in: eLife, Numero 14, 2026, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.104956

Disordered sequences of transcription factors regulate genomic binding by integrating diverse sequence grammars and interaction types

Autori: Bohdana Hurieva, Divya Krishna Kumar, Rotem Morag, Offir Lupo, Miri Carmi, Naama Barkai, Felix Jonas
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2024, Pagina/e 8763-8777, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae521

Selective association of short tandem repeats with DNA-binding domains and intrinsically disordered regions of transcription factors

Autori: Matan Vidavski, Sagie Brodsky, Wajd Manadre, Tamar Jana Lang, Vladimir Mindel, Yoav Navon, Naama Barkai
Pubblicato in: Cell Systems, Numero 16, 2025, Pagina/e 101349, ISSN 2405-4712
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cels.2025.101349

Intrinsically disordered regions of the Msn2 transcription factor encode multiple functions using interwoven sequence grammars

Autori: Vladimir Mindel, Sagie Brodsky, Aileen Cohen, Wajd Manadre, Felix Jonas, Miri Carmi, Naama Barkai
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2024, Pagina/e 2260-2272, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad1191

Rtt109 promotes nucleosome replacement ahead of the replication fork

Autori: Felix Jonas , Gilad Yaakov , Naama Barkai
Pubblicato in: Genome Research, 2022, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.276674.122

Massively parallel binding assay (MPBA) reveals limited transcription factor binding cooperativity, challenging models of specificity

Autori: Tamar Jana Lang, Sagie Brodsky, Wajd Manadre, Matan Vidavski, Gili Valinsky, Vladimir Mindel, Guy Ilan, Miri Carmi, Felix Jonas, Naama Barkai
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2024, Pagina/e 12227-12243, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae846

Revisiting the model for coactivator recruitment: Med15 can select its target sites independent of promoter-bound transcription factors

Autori: Vladimir Mindel, Sagie Brodsky, Hadas Yung, Wajd Manadre, Naama Barkai
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2024, Pagina/e 12093-12111, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae718