Energy Landscapes from Cryo-EM and Simulations

Informations projet

EnLaCES

N° de convention de subvention: 101024130

DOI 10.3030/101024130

Projet clôturé

Date de signature de la CE 14 Avril 2021

Date de début 1 Octobre 2021

Date de fin 30 Septembre 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total € 160 932,48

Contribution de l’UE € 160 932,48

Coordonné par

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spain

Publications

Peer reviewed articles (6)

Computational biophysics meets cryo-EM revolution in the search for the functional dynamics of biomolecular systems

Auteurs: Mauricio G. S. Costa, Mert Gur, James M. Krieger, Ivet Bahar
Publié dans: Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, 2023, Page(s) e1689, ISSN 1759-0884
Éditeur: Wiley Periodicals, Inc.
DOI: 10.1002/wcms.1689

Estimating conformational landscapes from Cryo-EM particles by 3D Zernike polynomials

Auteurs: D. Herreros, R. R. Lederman, J. M. Krieger, A. Jiménez-Moreno, M. Martínez, D. Myška, D. Strelak, J. Filipovic, C. O. S. Sorzano, J. M. Carazo
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, Page(s) 154, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-35791-y

Structural mobility tunes signalling of the GluA1 AMPA glutamate receptor

Auteurs: Danyang Zhang, Josip Ivica, James M. Krieger, Hinze Ho, Keitaro Yamashita, Imogen Stockwell, Rozbeh Baradaran, Ondrej Cais, Ingo H. Greger
Publié dans: Nature, Numéro 621, 2023, Page(s) 877–882, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06528-0

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine Enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

Auteurs: James M. Krieger, Carlos Oscar S. Sorzano, Jose Maria Carazo
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 24, 2023, Page(s) 14245, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms241814245

Scipion Flexibility Hub: an integrative framework for advanced analysis of conformational heterogeneity in cryoEM

Auteurs: D. Herreros, J. M. Krieger, Y. Fonseca, P. Conesa, M. Harastani, R. Vuillemot, I. Hamitouche, R. Serrano Gutiérrez, M. Gragera, R. Melero, S. Jonic, J. M. Carazo, C. O. Sorzano
Publié dans: Acta Crystallographica Section D: Structural Biology, Numéro 79, 2023, Page(s) 569-584, ISSN 2059-7983
Éditeur: International Union of Crystallography (co-published with Wiley)
DOI: 10.1107/s2059798323004497

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation

Auteurs: Tiziana Ginex, Clara Marco-Marín, Miłosz Wieczór, Carlos P. Mata, James Krieger, Paula Ruiz-Rodriguez, Maria Luisa López-Redondo, Clara Francés-Gómez, Roberto Melero, Carlos Óscar Sánchez-Sorzano, Marta Martínez, Nadine Gougeard, Alicia Forcada-Nadal, Sara Zamora-Caballero, Roberto Gozalbo-Rovira, Carla Sanz-Frasquet, Rocío Arranz, Jeronimo Bravo, Vicente Rubio, Alberto Marina, The IBV-C
Publié dans: PLOS Pathogens, Numéro 18, 2022, Page(s) e1010995, ISSN 1553-7366
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1010995