Energy Landscapes from Cryo-EM and Simulations

Informazioni relative al progetto

EnLaCES

ID dell’accordo di sovvenzione: 101024130

DOI

10.3030/101024130

Progetto chiuso

Data della firma CE 14 Aprile 2021

Data di avvio 1 Ottobre 2021

Data di completamento 30 Settembre 2023

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Costo totale

€ 160 932,48

Contributo UE

€ 160 932,48

Coordinato da

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spain

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (6)

Computational biophysics meets cryo-EM revolution in the search for the functional dynamics of biomolecular systems

Autori: Mauricio G. S. Costa, Mert Gur, James M. Krieger, Ivet Bahar
Pubblicato in: Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, 2023, Pagina/e e1689, ISSN 1759-0884
Editore: Wiley Periodicals, Inc.
DOI: 10.1002/wcms.1689

Estimating conformational landscapes from Cryo-EM particles by 3D Zernike polynomials

Autori: D. Herreros, R. R. Lederman, J. M. Krieger, A. Jiménez-Moreno, M. Martínez, D. Myška, D. Strelak, J. Filipovic, C. O. S. Sorzano, J. M. Carazo
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2023, Pagina/e 154, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-35791-y

Structural mobility tunes signalling of the GluA1 AMPA glutamate receptor

Autori: Danyang Zhang, Josip Ivica, James M. Krieger, Hinze Ho, Keitaro Yamashita, Imogen Stockwell, Rozbeh Baradaran, Ondrej Cais, Ingo H. Greger
Pubblicato in: Nature, Numero 621, 2023, Pagina/e 877–882, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06528-0

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine Enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

Autori: James M. Krieger, Carlos Oscar S. Sorzano, Jose Maria Carazo
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences, Numero 24, 2023, Pagina/e 14245, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms241814245

Scipion Flexibility Hub: an integrative framework for advanced analysis of conformational heterogeneity in cryoEM

Autori: D. Herreros, J. M. Krieger, Y. Fonseca, P. Conesa, M. Harastani, R. Vuillemot, I. Hamitouche, R. Serrano Gutiérrez, M. Gragera, R. Melero, S. Jonic, J. M. Carazo, C. O. Sorzano
Pubblicato in: Acta Crystallographica Section D: Structural Biology, Numero 79, 2023, Pagina/e 569-584, ISSN 2059-7983
Editore: International Union of Crystallography (co-published with Wiley)
DOI: 10.1107/s2059798323004497

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation

Autori: Tiziana Ginex, Clara Marco-Marín, Miłosz Wieczór, Carlos P. Mata, James Krieger, Paula Ruiz-Rodriguez, Maria Luisa López-Redondo, Clara Francés-Gómez, Roberto Melero, Carlos Óscar Sánchez-Sorzano, Marta Martínez, Nadine Gougeard, Alicia Forcada-Nadal, Sara Zamora-Caballero, Roberto Gozalbo-Rovira, Carla Sanz-Frasquet, Rocío Arranz, Jeronimo Bravo, Vicente Rubio, Alberto Marina, The IBV-C
Pubblicato in: PLOS Pathogens, Numero 18, 2022, Pagina/e e1010995, ISSN 1553-7366
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1010995