Descripción del proyecto
Estudio complejo de la red de regulación genética en las bacterias
El proyecto PERTURBATIONS, financiado con fondos europeos, estudiará las relaciones entre el genotipo, el fenotipo, la aptitud y el entorno en un sistema bacteriano modelo, utilizando transcriptómica y una tecnología de microfluidos, con el objetivo de descifrar las redes reguladoras de genes, la evolución y las limitaciones evolutivas. La investigación incluirá tecnología CRISPR de alteración del ADN programable, adecuada para perturbar la expresión génica de reguladores globales combinatorios de la transcripción, cascadas de genes en la jerarquía de la red y reguladores globales individuales con mutaciones en muchas posiciones. Los patrones de expresión del transcriptoma serán cuantificados mediante secuenciación de ARN. Se cuantificará la aptitud de cada cepa mediante microscopía y análisis de imágenes. El sistema microfluídico de vanguardia permitirá el estudio de alto rendimiento de muchas cepas de bacterias en un entorno estrictamente controlado.
Objetivo
Although genome sequencing is well advanced, our understanding of the genome to phenotype to fitness relationship remains very poor. It is becoming very evident that the information stored in genes is not enough to understand their impact without knowing the phenotypic and environmental context. The fact that a gene is present in a genome tells very little about when it is expressed and its relationship to other genes and mutual effects on gene expression pattern. To understand how phenotypes emerge from a specific genotype, we need to understand gene regulatory networks and their mechanisms of regulation. In this project, I propose to study the relationships between genotype, phenotype, fitness, and environment using a microfluidic device coupled with transcriptomics with the goal of collecting high dimension high quality data for unprecedented level of understanding and predicting regulatory networks, evolution, and evolutionary constraints in the form of epistasis and pleiotropy. I will use programmable DNA binding protein called CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) to perturb gene expression of (1) combinatorial global regulators within the transcriptional regulatory network, (2) cascades of genes that form gene network hierarchy, and (3) single global regulators with low level mutations at many positions in their genetic code. I will then quantify the expression pattern of the transcriptome using RNA sequencing and the growth fitness of each strain. The environment will be highly controllable as we will create a cutting-edge microfluidic system to study many strains of bacteria in a high-throughput manner. Successful implementation of the strategies explored in this project will open the doors to plenty of other avenues to explore with fruitful outcomes wherever there is a need for combining genotypic, phenotypic, and fitness studies in highly controllable environments
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología bacteriología
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias naturales ciencias biológicas genética mutación
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ARN
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMA PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2020
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
75231 Paris
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.