Descrizione del progetto
Uno studio complesso della rete di regolazione genica nei batteri
Il progetto PERTURBATIONS, finanziato dall’UE, studierà la relazione che intercorre tra genotipo, fenotipo, fitness e ambiente in un sistema batterico modello ricorrendo a una tecnologia di microfluidica associata alla trascrittomica, con l’obiettivo di comprendere le reti, l’evoluzione e i limiti evolutivi della regolazione genica. La ricerca includerà una tecnologia CRISPR programmabile di alterazione del DNA, adatta per alterare l’espressione genica di regolatori globali combinatori della trascrizione, cascate di geni nella gerarchia della rete e singoli regolatori globali con mutazioni in molte posizioni. Saranno quantificati sia i modelli di espressione del trascrittoma attraverso la sequenziazione dell’RNA che la fitness di ogni ceppo mediante la microscopia e l’analisi di immagini. Il rivoluzionario sistema di microfluidica consentirà lo studio di molti ceppi di batteri con metodi ad alte prestazioni in un ambiente strettamente controllato.
Obiettivo
Although genome sequencing is well advanced, our understanding of the genome to phenotype to fitness relationship remains very poor. It is becoming very evident that the information stored in genes is not enough to understand their impact without knowing the phenotypic and environmental context. The fact that a gene is present in a genome tells very little about when it is expressed and its relationship to other genes and mutual effects on gene expression pattern. To understand how phenotypes emerge from a specific genotype, we need to understand gene regulatory networks and their mechanisms of regulation. In this project, I propose to study the relationships between genotype, phenotype, fitness, and environment using a microfluidic device coupled with transcriptomics with the goal of collecting high dimension high quality data for unprecedented level of understanding and predicting regulatory networks, evolution, and evolutionary constraints in the form of epistasis and pleiotropy. I will use programmable DNA binding protein called CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) to perturb gene expression of (1) combinatorial global regulators within the transcriptional regulatory network, (2) cascades of genes that form gene network hierarchy, and (3) single global regulators with low level mutations at many positions in their genetic code. I will then quantify the expression pattern of the transcriptome using RNA sequencing and the growth fitness of each strain. The environment will be highly controllable as we will create a cutting-edge microfluidic system to study many strains of bacteria in a high-throughput manner. Successful implementation of the strategies explored in this project will open the doors to plenty of other avenues to explore with fruitful outcomes wherever there is a need for combining genotypic, phenotypic, and fitness studies in highly controllable environments
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia batteriologia
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA trascrittomi
- scienze naturali scienze biologiche genetica mutazione
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo programma -
H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2020
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
75231 Paris
Francia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.