Opis projektu
Kompleksowe badanie sieci regulatorowej genów bakterii
Zespół finansowanego ze środków UE projektu PERTURBATIONS zbada powiązania między genotypem, fenotypem, przystosowaniem i środowiskiem w modelowym systemie bakteryjnym. Badacze wykorzystają połączenie technologii mikrofluidycznej i transkryptomiki. Celem jest lepsze zrozumienie sieci regulatorowych genów, ewolucji i ograniczeń ewolucyjnych. Badacze wykorzystają programowalną technologię modyfikacji DNA z użyciem systemu CRISPR, umożliwiającą zakłócanie ekspresji genów poprzez wstawianie mutacji w wielu pozycjach. Zostanie ona użyta w odniesieniu do: kombinatorycznych regulatorów globalnych transkrypcji, kaskad genów tworzących hierarchię sieci genów oraz pojedynczych regulatorów globalnych. Wzorce ekspresji transkryptomu zostaną zmierzone ilościowo z użyciem sekwencjonowania RNA. Przystosowanie każdego ze szczepów zostanie ocenione ilościowo z użyciem mikroskopii i analizy obrazu. Nowoczesny układ mikrofluidyczny umożliwi wysokoprzepustowe badanie wielu szczepów bakterii w ściśle kontrolowanych warunkach.
Cel
Although genome sequencing is well advanced, our understanding of the genome to phenotype to fitness relationship remains very poor. It is becoming very evident that the information stored in genes is not enough to understand their impact without knowing the phenotypic and environmental context. The fact that a gene is present in a genome tells very little about when it is expressed and its relationship to other genes and mutual effects on gene expression pattern. To understand how phenotypes emerge from a specific genotype, we need to understand gene regulatory networks and their mechanisms of regulation. In this project, I propose to study the relationships between genotype, phenotype, fitness, and environment using a microfluidic device coupled with transcriptomics with the goal of collecting high dimension high quality data for unprecedented level of understanding and predicting regulatory networks, evolution, and evolutionary constraints in the form of epistasis and pleiotropy. I will use programmable DNA binding protein called CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) to perturb gene expression of (1) combinatorial global regulators within the transcriptional regulatory network, (2) cascades of genes that form gene network hierarchy, and (3) single global regulators with low level mutations at many positions in their genetic code. I will then quantify the expression pattern of the transcriptome using RNA sequencing and the growth fitness of each strain. The environment will be highly controllable as we will create a cutting-edge microfluidic system to study many strains of bacteria in a high-throughput manner. Successful implementation of the strategies explored in this project will open the doors to plenty of other avenues to explore with fruitful outcomes wherever there is a need for combining genotypic, phenotypic, and fitness studies in highly controllable environments
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne mikrobiologia bakteriologia
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka RNA transkryptomy
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka mutacja
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka genom
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu -
H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) H2020-MSCA-IF-2020
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaKoordynator
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
75231 Paris
Francja
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.