Descripción del proyecto
La metilación del ADN como un reloj epigenético en aves silvestres
La metilación del ADN, un efecto epigenético, ha surgido como un marcador superior de la edad biológica en estudios epidemiológicos y puede predecir la esperanza de vida restante mejor que la edad cronológica. Por tanto, la identificación de los factores que contribuyen a la metilación relacionada con el envejecimiento se ha convertido en una noción importante para entender el envejecimiento saludable. El proyecto wildEPIClock, financiado con fondos europeos, aprovechará un gran conjunto existente de muestras biológicas procedentes de la grajilla («Coloeus monedula») silvestre con historias vitales conocidas, que han sido objeto de seguimiento a lo largo de su vida, para desvelar las causas y consecuencias de la variación de la metilación del ADN. El proyecto integrará la ecología evolutiva, la genética cuantitativa y la biomedicina para desarrollar un reloj epigenético a fin de entender los cambios en la metilación del ADN y sus consecuencias adaptativas finales, lo que desvelará mecanismos extragénicos de la herencia y la evolución fenotípica en el marco de un diseño relevante desde un punto de vista ecológico.
Objetivo
DNA methylation (DNAm), an epigenetic effect, changes with age in a site-dependent way. DNAm score, integrating methylation state at many sites, has recently emerged as a superior marker of biological age in epidemiological studies: it predicts remaining lifespan markedly better than chronological age (CA). Identification of factors that contribute to ageing-related methylation has thereby become of importance for understanding healthy ageing. In this project, I will use a large existing set of biological samples of a free-ranging animal (jackdaw, Coloeus monedula) with known life-histories, monitored longitudinally throughout their lives, to reveal causes (experimental approach) and consequences (lifelong monitoring) of DNAm variation. By integrating expertise from evolutionary ecology, quantitative genetics and biomedicine, I will develop an epigenetic clock to build a comprehensive understanding of shifts in DNAm and their ultimate fitness consequences, unravelling extragenic mechanisms of inheritance and phenotypic evolution in an ecologically relevant setup. Specific objectives, implemented through dedicated work packages, are:
O1-Groundwork: Develop an epigenetic clock of CA for wild jackdaws. Method WP1: wet-lab analyses of DNAm and identification of CpG sites where methylation changes with CA to be combined in a DNAm score of age.
O2-Causes: Identify environmental and quantitative (epi)genetic causes of DNAm variation, leveraging a long-term brood size manipulation experiment that affected ageing in parents (mortality) and offspring (telomere dynamics). Method WP2: analysis of longitudinal age-corrected DNAm data and the pedigree.
O3&O4-Consequences: Study the link between the DNAm and its results on life-history traits according to the manipulation (O3,WP3a). Quantify transgenerational epigenetic inheritance (O4, WP3b). Method: longitudinal data analysis of phenotypic traits and transgenerational effects to unravel consequences of variation in DNAm.
Ámbito científico
Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFCoordinador
9712CP Groningen
Países Bajos