Opis projektu
Metylacja DNA jako zegar epigenetyczny u dzikich ptaków
Metylacja DNA (DNAm), mechanizm epigenetyczny, jest doskonałym markerem wieku biologicznego wykorzystywanym w badaniach epidemiologicznych, który umożliwia bardziej precyzyjne szacowanie długości pozostałego życia niż wiek chronologiczny. Rozpoznanie czynników, które przyczyniają się do metylacji związanej ze starzeniem, pozwala zatem zrozumieć proces zdrowego starzenia się. Wykorzystując zgromadzony już duży zestaw próbek biologicznych dotyczących monitorowanych przez całe życie dzikich kawek zwyczajnych (Coloeus monedula) zespół finansowanego przez UE projektu wildEPIClock zbada przyczyny i konsekwencje zmienności DNAm. Badacze połączą ekologię ewolucyjną, genetykę ilościową i biomedycynę w celu opracowania zegara epigenetycznego, który pozwoli na zrozumienie zmian w DNAm i ich wpływu na zdrowie, odkrywając niegenetyczne mechanizmy dziedziczenia i ewolucji fenotypowej w ekologicznie istotnym układzie.
Cel
DNA methylation (DNAm), an epigenetic effect, changes with age in a site-dependent way. DNAm score, integrating methylation state at many sites, has recently emerged as a superior marker of biological age in epidemiological studies: it predicts remaining lifespan markedly better than chronological age (CA). Identification of factors that contribute to ageing-related methylation has thereby become of importance for understanding healthy ageing. In this project, I will use a large existing set of biological samples of a free-ranging animal (jackdaw, Coloeus monedula) with known life-histories, monitored longitudinally throughout their lives, to reveal causes (experimental approach) and consequences (lifelong monitoring) of DNAm variation. By integrating expertise from evolutionary ecology, quantitative genetics and biomedicine, I will develop an epigenetic clock to build a comprehensive understanding of shifts in DNAm and their ultimate fitness consequences, unravelling extragenic mechanisms of inheritance and phenotypic evolution in an ecologically relevant setup. Specific objectives, implemented through dedicated work packages, are:
O1-Groundwork: Develop an epigenetic clock of CA for wild jackdaws. Method WP1: wet-lab analyses of DNAm and identification of CpG sites where methylation changes with CA to be combined in a DNAm score of age.
O2-Causes: Identify environmental and quantitative (epi)genetic causes of DNAm variation, leveraging a long-term brood size manipulation experiment that affected ageing in parents (mortality) and offspring (telomere dynamics). Method WP2: analysis of longitudinal age-corrected DNAm data and the pedigree.
O3&O4-Consequences: Study the link between the DNAm and its results on life-history traits according to the manipulation (O3,WP3a). Quantify transgenerational epigenetic inheritance (O4, WP3b). Method: longitudinal data analysis of phenotypic traits and transgenerational effects to unravel consequences of variation in DNAm.
Dziedzina nauki
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFKoordynator
9712CP Groningen
Niderlandy