Description du projet
La méthylation de l’ADN comme horloge épigénétique chez les oiseaux sauvages
La méthylation de l’ADN (ADNm), un effet épigénétique, est apparue comme un marqueur supérieur de l’âge biologique dans les études épidémiologiques et permet de prédire avec une plus grande précision la durée de vie restante par rapport à l’âge chronologique. L’identification des facteurs qui contribuent à la méthylation liée au vieillissement est donc devenue importante pour comprendre le vieillissement en bonne santé. Le projet wildEPIClock, financé par l’UE, exploitera un vaste ensemble d’échantillons biologiques de Choucas des tours (Coloeus monedula) sauvages dont l’histoire de vie est connue et qui sont suivis tout au long de leur vie, afin de dévoiler les causes et les conséquences de la variation de l’ADNm. Le projet intégrera l’écologie évolutive, la génétique quantitative et la biomédecine pour mettre au point une horloge épigénétique permettant de comprendre les variations de l’ADNm et leurs conséquences ultimes sur l’adaptation, en démêlant les mécanismes extragéniques de l’héritage et de l’évolution phénotypique dans une configuration écologiquement pertinente.
Objectif
DNA methylation (DNAm), an epigenetic effect, changes with age in a site-dependent way. DNAm score, integrating methylation state at many sites, has recently emerged as a superior marker of biological age in epidemiological studies: it predicts remaining lifespan markedly better than chronological age (CA). Identification of factors that contribute to ageing-related methylation has thereby become of importance for understanding healthy ageing. In this project, I will use a large existing set of biological samples of a free-ranging animal (jackdaw, Coloeus monedula) with known life-histories, monitored longitudinally throughout their lives, to reveal causes (experimental approach) and consequences (lifelong monitoring) of DNAm variation. By integrating expertise from evolutionary ecology, quantitative genetics and biomedicine, I will develop an epigenetic clock to build a comprehensive understanding of shifts in DNAm and their ultimate fitness consequences, unravelling extragenic mechanisms of inheritance and phenotypic evolution in an ecologically relevant setup. Specific objectives, implemented through dedicated work packages, are:
O1-Groundwork: Develop an epigenetic clock of CA for wild jackdaws. Method WP1: wet-lab analyses of DNAm and identification of CpG sites where methylation changes with CA to be combined in a DNAm score of age.
O2-Causes: Identify environmental and quantitative (epi)genetic causes of DNAm variation, leveraging a long-term brood size manipulation experiment that affected ageing in parents (mortality) and offspring (telomere dynamics). Method WP2: analysis of longitudinal age-corrected DNAm data and the pedigree.
O3&O4-Consequences: Study the link between the DNAm and its results on life-history traits according to the manipulation (O3,WP3a). Quantify transgenerational epigenetic inheritance (O4, WP3b). Method: longitudinal data analysis of phenotypic traits and transgenerational effects to unravel consequences of variation in DNAm.
Champ scientifique
Programme(s)
Régime de financement
MSCA-IF-EF-ST - Standard EFCoordinateur
9712CP Groningen
Pays-Bas