Descripción del proyecto
Qué lleva a los patógenos a saltar de un hospedador a otro
Una zoonosis es una infección de origen bacteriano, vírico o parasitario que se transmite al ser humano desde otros animales. La pandemia de SARS-CoV-2 ha puesto de manifiesto la necesidad de comprender la interacción de los patógenos con las células humanas a fin de predecir mejor el riesgo zoonótico de cualquier patógeno de nueva aparición. El proyecto GRASSHOPPER, financiado con fondos europeos, se centrará en la presión inducida por el hospedador como estimación directa de la probabilidad de una zoonosis vírica. Los resultados del proyecto proporcionarán una visión fundamental de los factores que propician el salto de un hospedador a otro y abrirán nuevas posibilidades para el diseño de vacunas y estrategias de vigilancia de patógenos.
Objetivo
Assessing the pandemic risk for viruses of zoonotic origin is extremely hard, but its importance motivates a steadily growing interest. The approaches used so far are hindered by the limited knowledge of the complex interactions of viral genomes with human cells. Within the framework of the global research effort to fill this gap, this action aims at unveiling the relevance of specific genomic features, especially those related to the codon usage bias, in the process of viral host jump. Two objectives are established: (i) identify and quantify the host-induced pressures on viral genomes; (ii) use these pressures to quantify the likelihood of host jumps. To address objective (i), the host-induced pressures will be inferred from large public databases of viral genomes, in the spirit of inverse problems in Statistical Physics. The results will be validated through experiments performed in collaboration with an experimental group at Istitut Pasteur (Paris). The results of objective (i) will be used in objective (ii) to take into account the compatibility of the viral genome with the host-induced pressures in a simple model of host jump. The Applicant will benefit from a secondment at University of Basel where he will acquire useful skills for this challenging objective.
The ambitious aims of this action will be achieved via a strongly interdisciplinary approach, which will build on the existing skills of the Applicant, who specialized in combinatorial optimization problems and Statistical Physics of disordered systems during his PhD, together with the expertise of the Supervisor on inference and Statistical Physics models applied to biology topics. The proposed project is expected to have practical impact on vaccine strain design and virus surveillance strategies. Moreover, it will allow the Applicant to benefit of a unique training scheme, in contact with several top-level institutions in EU, and in close collaboration with internationally recognized researchers.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinador
75230 Paris
Francia