Descrizione del progetto
Cosa spinge i patogeni a compiere il salto di specie
Una zoonosi è un’infezione di origine batterica, virale o parassitaria che si diffonde da altri animali negli esseri umani. La pandemia di SARS-CoV-2 ha messo in evidenza l’esigenza di capire l’interazione tra patogeni e cellule umane per prevedere con più accuratezza il rischio zoonotico di qualsiasi patogeno emergente. Il progetto GRASSHOPPER, finanziato dall’UE, concentrerà l’attenzione sulla pressione indotta dall’ospite come una stima diretta della probabilità di una zoonosi virale. I risultati del progetto forniranno informazioni fondamentali sulle cause del salto di specie, aprendo nuove possibilità per la progettazione di vaccini e per le strategie di monitoraggio dei patogeni.
Obiettivo
Assessing the pandemic risk for viruses of zoonotic origin is extremely hard, but its importance motivates a steadily growing interest. The approaches used so far are hindered by the limited knowledge of the complex interactions of viral genomes with human cells. Within the framework of the global research effort to fill this gap, this action aims at unveiling the relevance of specific genomic features, especially those related to the codon usage bias, in the process of viral host jump. Two objectives are established: (i) identify and quantify the host-induced pressures on viral genomes; (ii) use these pressures to quantify the likelihood of host jumps. To address objective (i), the host-induced pressures will be inferred from large public databases of viral genomes, in the spirit of inverse problems in Statistical Physics. The results will be validated through experiments performed in collaboration with an experimental group at Istitut Pasteur (Paris). The results of objective (i) will be used in objective (ii) to take into account the compatibility of the viral genome with the host-induced pressures in a simple model of host jump. The Applicant will benefit from a secondment at University of Basel where he will acquire useful skills for this challenging objective.
The ambitious aims of this action will be achieved via a strongly interdisciplinary approach, which will build on the existing skills of the Applicant, who specialized in combinatorial optimization problems and Statistical Physics of disordered systems during his PhD, together with the expertise of the Supervisor on inference and Statistical Physics models applied to biology topics. The proposed project is expected to have practical impact on vaccine strain design and virus surveillance strategies. Moreover, it will allow the Applicant to benefit of a unique training scheme, in contact with several top-level institutions in EU, and in close collaboration with internationally recognized researchers.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.
- scienze naturaliinformatica e scienze dell'informazionebasi di dati
- scienze naturaliscienze biologichemicrobiologiavirologia
- scienze mediche e della salutemedicina di basefarmacologia e farmaciafarmacivaccini
- scienze naturaliscienze biologichegeneticagenomi
È necessario effettuare l’accesso o registrarsi per utilizzare questa funzione
Programma(i)
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinatore
75230 Paris
Francia