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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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understandinG the Role of codon usAge biaS in viruS HOst jumP ProcessEs thRough statistical physics

Description du projet

Ce qui pousse les agents pathogènes à changer d’hôte

Une zoonose est une infection d’origine bactérienne, virale ou parasitaire qui se propage aux humains à partir d’autres animaux. La pandémie de SARS-CoV-2 a souligné la nécessité de comprendre l’interaction des agents pathogènes avec les cellules humaines afin de mieux prédire le risque zoonotique de tout agent pathogène émergent. Le projet GRASSHOPPER, financé par l’UE, s’intéressera à la pression induite par l’hôte comme estimation directe de la probabilité de zoonose virale. Les résultats du projet offriront un aperçu fondamental sur les facteurs de changement d’hôtes, créant de nouvelles possibilités pour la conception de vaccins et des stratégies de surveillance des agents pathogènes.

Objectif

Assessing the pandemic risk for viruses of zoonotic origin is extremely hard, but its importance motivates a steadily growing interest. The approaches used so far are hindered by the limited knowledge of the complex interactions of viral genomes with human cells. Within the framework of the global research effort to fill this gap, this action aims at unveiling the relevance of specific genomic features, especially those related to the codon usage bias, in the process of viral host jump. Two objectives are established: (i) identify and quantify the host-induced pressures on viral genomes; (ii) use these pressures to quantify the likelihood of host jumps. To address objective (i), the host-induced pressures will be inferred from large public databases of viral genomes, in the spirit of inverse problems in Statistical Physics. The results will be validated through experiments performed in collaboration with an experimental group at Istitut Pasteur (Paris). The results of objective (i) will be used in objective (ii) to take into account the compatibility of the viral genome with the host-induced pressures in a simple model of host jump. The Applicant will benefit from a secondment at University of Basel where he will acquire useful skills for this challenging objective.
The ambitious aims of this action will be achieved via a strongly interdisciplinary approach, which will build on the existing skills of the Applicant, who specialized in combinatorial optimization problems and Statistical Physics of disordered systems during his PhD, together with the expertise of the Supervisor on inference and Statistical Physics models applied to biology topics. The proposed project is expected to have practical impact on vaccine strain design and virus surveillance strategies. Moreover, it will allow the Applicant to benefit of a unique training scheme, in contact with several top-level institutions in EU, and in close collaboration with internationally recognized researchers.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.

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Programme(s)

Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)

Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2020

Voir tous les projets financés au titre de cet appel

Coordinateur

ECOLE NORMALE SUPERIEURE
Contribution nette de l'UE

La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.

€ 184 707,84
Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

€ 184 707,84
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