The Paris DYNAMO Fellowship Programme

Informations projet

FP-DYNAMO-PARIS

N° de convention de subvention: 101034407

DOI

10.3030/101034407

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Avril 2021

Date de début 1 Septembre 2021

Date de fin 31 Août 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 2 795 280,00

Contribution de l’UE

€ 1 397 640,00

Coordonné par

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (2)

Link for Euraxess website for Call 2

Inform the Project Officer on publishing each call for proposals by sending the link to the Euraxess website and a screen shot of the related call announcement

Link to Euraxess website for Call 1

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Publications

Other (4)

Studying the regulons of OmrA and OmrB paralogous small RNAs reveals targets involved in central carbon metabolism and lipogenesis

Auteurs: Alexey Korepanov, Jonathan Jagodnik, Fanny Quenette, Thao Nguyen Le Lam, Marion Hamon, Jade Mathis De Fromont, Odile Sismeiro, Valentin Gherdol-Nouvion, Alexandre Maes, Maude Guillier
Publié dans: BioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.06.26.734639

30S-seq redefines the bacterial Ribosome Binding Site

Auteurs: Jonathan Jagodnik, Valentin Gherdol-Nouvion, Mira Al Sahmarani, Alexandre Maes, Maude Guillier
Publié dans: BioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.04.04.647229

The first photosynthetic mutant in diatoms targets the subunit γ of plastidial ATP synthase and reveals a key role of thylakoid electrochemical proton gradient in photosynthesis regulation and heterotrophic metabolism

Auteurs: Erik Jensen, Sien Audoor, Richard Kuras, Brignone Seleem, Alessandra Rogato, Giuliana D’Ippolito, Giovanna Benvenuto, Angelo Fontana, Yves Choquet, Benjamin Bailleul, Angela Falciatore
Publié dans: BioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.10.10.681070

F1F0-ATP-synthase subunit b head-to-head interactions shape intracellular membranes in Escherichia coli

Auteurs: Mukul S Kareya, Jorge Royes, Federica Angius, Florence Szczepaniak, Francesco Boldrin, Marion Hamon, Pauline Talbot, Oana Ilioaia, Celine Madigou, Christophe Tribet, Francois Dehez, Florent Waltz, Francesca Zito, Bruno MIROUX
Publié dans: BioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.03.03.708934

Peer reviewed articles (18)

Structural profiles of the full phagocyte NADPH oxidase unveiled by combining computational biology and experimental knowledge

Auteurs: Sana Aimeur, Burcu Aykac Fas, Xavier Serfaty, Hubert Santuz, Sophie Sacquin-Mora, Tania Bizouarn, Antoine Taly, Laura Baciou
Publié dans: Journal of Biological Chemistry, Numéro 300, 2025, Page(s) 107943, ISSN 0021-9258
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2024.107943

A Perspective on the Prospective Use of AI in Protein Structure Prediction

Auteurs: Raphaelle Versini, Sujith Sritharan, Burcu Aykac Fas, Thibault Tubiana, Sana Zineb Aimeur, Julien Henri, Marie Erard, Oliver Nüsse, Jessica Andreani, Marc Baaden, Patrick Fuchs, Tatiana Galochkina, Alexios Chatzigoulas, Zoe Cournia, Hubert Santuz, Sophie Sacquin-Mora, Antoine Taly
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 64, 2024, Page(s) 26-41, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.3c01361

Structure and elasticity of healthy and Alzheimer's disease cell membranes revealed by molecular dynamics simulations

Auteurs: Thi Ly Mai, Hoa Thi Nguyen, Philippe Derreumaux, Phuong H. Nguyen
Publié dans: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Numéro 93, 2025, Page(s) 1349-1360, ISSN 0887-3585
Éditeur: Wiley-Liss Inc
DOI: 10.1002/prot.26508

Structure and Elasticity of Mitochondrial Membranes: A Molecular Dynamics Simulation Study

Auteurs: Thi Ly Mai, Philippe Derreumaux, Phuong H. Nguyen
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry B, Numéro 127, 2023, Page(s) 10778-10791, ISSN 1520-6106
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.3c05112

The thiolation of U34 at carbon 2 in tRNA by Escherichia coli MnmA precedes modification at carbon 5 and is dependent on a [4Fe-4S] cluster

Auteurs: Sylvain Gervason, Sambuddha Sen, Jingjing Zhou, Karolina Podskoczyj, Grazyna Leszczynska, Sylvain Caillat, Jean-Luc Ravanat, Marc Fontecave, Béatrice Golinelli-Pimpaneau
Publié dans: Journal of Inorganic Biochemistry, Numéro 274, 2026, Page(s) 113064, ISSN 0162-0134
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jinorgbio.2025.113064

Status of Alzheimer’s and Parkinson’s Disease Detections and Treatments

Auteurs: Phuong H. Nguyen, Philippe Derreumaux
Publié dans: ACS Chemical Neuroscience, Numéro 17, 2026, Page(s) 2441-2453, ISSN 1948-7193
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschemneuro.6c00096

Modeling stable cavitation of coated microbubbles: A framework integrating smoothed dissipative particle dynamics and the Rayleigh–Plesset equation

Auteurs: Phuong H. Nguyen
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 161, 2024, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0220395

Disentangling the pseudoknots of toxin translation

Auteurs: Jonathan Jagodnik, Fabien Darfeuille, Maude Guillier
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 121, 2024, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2411591121

Mitofusin-mediated contacts between mitochondria and peroxisomes regulate mitochondrial fusion

Auteurs: Cynthia Alsayyah, Manish K. Singh, Maria Angeles Morcillo-Parra, Laetitia Cavellini, Nadav Shai, Christine Schmitt, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar, Adeline Mallet, Naïma Belgareh-Touzé, Christophe Zimmer, Mickaël M. Cohen
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 22, 2024, Page(s) e3002602, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002602

Molecular dynamics simulation of cancer cell membrane perforated by shockwave induced bubble collapse

Auteurs: Nguyen Hoang Linh, Viet Hoang Man, Mai Suan Li, Junmei Wang, Philippe Derreumaux, Thi Ly Mai, Phuong H. Nguyen
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 157, 2023, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0105675

Riboswitch and small RNAs modulate <i>btuB</i> translation initiation in <i>Escherichia coli</i> and trigger distinct mRNA regulatory mechanisms

Auteurs: Laurène Bastet, Alexey P Korepanov, Jonathan Jagodnik, Jonathan P Grondin, Anne-Marie Lamontagne, Maude Guillier, Daniel A Lafontaine
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 5852-5865, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae347

Advances in Human Pre-tRNA Maturation: TRMT10C and ELAC2 in Focus

Auteurs: Juhi Sikarwar, Vincent Meynier, Carine Tisné
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 437, 2026, Page(s) 168989, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2025.168989

A constricted mitochondrial morphology formed during respiration

Auteurs: Manish K. Singh, Laetitia Cavellini, Maria Angeles Morcillo-Parra, Christina Kunz, Mickaël Lelek, Perrine Bomme, Aurélia Barascu, Cynthia Alsayyah, Maria Teresa Teixeira, Naïma Belgareh-Touzé, Adeline Mallet, Lea Dietrich, Christophe Zimmer, Mickael M. Cohen
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-60658-9

Dissecting the Mechanism of Biosynthesis of Sulfurated Biomolecules: The Case of tRNA Sulfuration

Auteurs: Sylvain Gervason, Marc Fontecave, Béatrice Golinelli-Pimpaneau
Publié dans: Accounts of Chemical Research, Numéro 58, 2025, Page(s) 3146-3153, ISSN 0001-4842
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.accounts.5c00485

Control of iron acquisition by multiple small RNAs unravels a new role for transcriptional terminator loops in gene regulation

Auteurs: Eugenio Solchaga Flores, Jonathan Jagodnik, Fanny Quenette, Alexey Korepanov, Maude Guillier
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2025, Page(s) 13775-13791, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae1131

Stability and cavitation of nanobubble: Insights from large-scale atomistic molecular dynamics simulations

Auteurs: Viet Hoang Man, Mai Suan Li, Philippe Derreumaux, Phuong H. Nguyen
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 161, 2024, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0230903

Purinosome Unmasked: Exploring the Molecular-Scale Structure of a Purinosome Complex In Silico

Auteurs: Florencia Klein, Stepan Timr, Simon Ebbinghaus, Fabio Sterpone
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry Letters, 2025, Page(s) 8252-8261, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.5c01870

Evolution, structure and function of L-cysteine desulfidase, an enzyme involved in sulfur metabolism in the methanogenic archeon Methanococcus maripaludis

Auteurs: Sylvain Gervason, Paolo Zecchin, Elliot B. Shelton, Nisha He, Ludovic Pecqueur, Pierre Simon Garcia, Taiwo Akinyemi, Nadia Touati, Ornella Bimai, Christophe Velours, Jean-Luc Ravanat, Bruno Faivre, William B. Whitman, Marc Fontecave, Béatrice Golinelli-Pimpaneau
Publié dans: Communications Biology, Numéro 8, 2025, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42003-025-09053-0