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Non-Invasive Predictive Modelling of Amphibian and Pathogen Diversity

Descripción del proyecto

Modelización de la biodiversidad de las especies mediante ADN mitocondrial

La pérdida de biodiversidad es la disminución de la variedad de especies en un hábitat determinado, lo cual provoca la extinción de ciertas especies en todo el mundo. Se trata de una gran preocupación para todo el ecosistema y requiere herramientas que puedan detectar con rapidez cualquier amenaza para la supervivencia de las especies, como agentes patógenos y cambios en el hábitat. El equipo del proyecto NIPMAP, financiado por las Acciones Marie Skłodowska-Curie, propone desarrollar un método basado en el ADN mitocondrial para calcular la diversidad en los anfibios y sus agentes patógenos. Los investigadores combinarán esta información con datos sobre la transmisión de agentes patógenos y variables ambientales en un modelo que contribuirá a la protección y conservación de las especies.

Objetivo

The current global biodiversity crisis requires rapid, inexpensive and reliable methods of detecting the main threats to species survival: pathogens, habitat change, and loss of genetic diversity1. Equally crucial are solutions for stemming biodiversity loss: we lack vital models that determine how these threats interact, which would help prioritise conservation efforts. Recently, CRI-CG has discovered for one species of frog over a relatively small geographic area that eDNA extracted from water samples captures more genetic diversity than analyses using tissue samples (UNESCO-funded project ACQUAVIVA). The same eDNA can be used to detect amphibian pathogens. NIPMAP will apply this knowledge in an innovative way by: i) optimizing this eDNA approach to estimate mtDNA diversity in four amphibian taxa (two caudates, two anurans) and pathogen diversity (principal pathogens: Bd, Bsal, Rv) across the eastern Italian Alps; ii) using these data to inform individual-based and spatially explicit simulations of host movements and pathogen transmission37; iii) integrating parameters from i-ii with skin microbiota and other health indices, as well as iv) environmental variables at each sample site, to generate correlative models (e.g. GLMMs and SDMs) and potential distribution maps to direct conservation management decisions. We will also pilot two innovative eDNA protocols: one to measure nuclear DNA diversity (to measure current gene flow and dispersal rates) and one to understand microbiota function using metatranscriptomics. These interdisciplinary tools will be integrated into a workflow that will be applicable to animal taxa anywhere on the planet.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

Palabras clave

Programa(s)

Tema(s)

Régimen de financiación

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Convocatoria de propuestas

(se abrirá en una nueva ventana) HORIZON-MSCA-2021-PF-01

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Coordinador

FONDAZIONE EDMUND MACH
Aportación neta de la UEn
€ 188 590,08
Dirección
VIA E MACH 1
38098 SAN MICHELE ALL ADIGE
Italia
Región
Nord-Est Provincia Autonoma di Trento Trento
Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Enlaces
Coste total
Sin datos

Socios (2)