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Non-Invasive Predictive Modelling of Amphibian and Pathogen Diversity

Descrizione del progetto

Modellizzazione della biodiversità delle specie tramite DNA mitocondriale

Con il termine «perdita di biodiversità» si intende il declino della varietà di specie in un determinato habitat e l’estinzione di alcune di queste in tutto il mondo. Il fenomeno desta grandi preoccupazioni per l’intero ecosistema e genera la necessità di strumenti in grado di rilevare rapidamente eventuali minacce alla sopravvivenza delle specie, come gli agenti patogeni e i cambiamenti di habitat. Il progetto NIPMAP, finanziato dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, si propone di sviluppare un metodo che utilizzi il DNA mitocondriale per stimare la diversità degli anfibi e dei loro patogeni. I ricercatori uniranno queste informazioni ai dati relativi alla trasmissione dei patogeni e alle variabili ambientali, producendo un modello che contribuirà alla tutela e alla conservazione delle specie.

Obiettivo

The current global biodiversity crisis requires rapid, inexpensive and reliable methods of detecting the main threats to species survival: pathogens, habitat change, and loss of genetic diversity1. Equally crucial are solutions for stemming biodiversity loss: we lack vital models that determine how these threats interact, which would help prioritise conservation efforts. Recently, CRI-CG has discovered for one species of frog over a relatively small geographic area that eDNA extracted from water samples captures more genetic diversity than analyses using tissue samples (UNESCO-funded project ACQUAVIVA). The same eDNA can be used to detect amphibian pathogens. NIPMAP will apply this knowledge in an innovative way by: i) optimizing this eDNA approach to estimate mtDNA diversity in four amphibian taxa (two caudates, two anurans) and pathogen diversity (principal pathogens: Bd, Bsal, Rv) across the eastern Italian Alps; ii) using these data to inform individual-based and spatially explicit simulations of host movements and pathogen transmission37; iii) integrating parameters from i-ii with skin microbiota and other health indices, as well as iv) environmental variables at each sample site, to generate correlative models (e.g. GLMMs and SDMs) and potential distribution maps to direct conservation management decisions. We will also pilot two innovative eDNA protocols: one to measure nuclear DNA diversity (to measure current gene flow and dispersal rates) and one to understand microbiota function using metatranscriptomics. These interdisciplinary tools will be integrated into a workflow that will be applicable to animal taxa anywhere on the planet.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2021-PF-01

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

FONDAZIONE EDMUND MACH
Contributo netto dell'UE
€ 188 590,08
Indirizzo
VIA E MACH 1
38098 SAN MICHELE ALL ADIGE
Italia
Regione
Nord-Est Provincia Autonoma di Trento Trento
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale
Nessun dato

Partner (2)