Descrizione del progetto
Topologia dell’RNA associato alle vescicole extracellulari
Le cellule comunicano scambiando RNA associato a vescicole extracellulari (EV-RNA), la cui analisi può quindi fornire biomarcatori della malattia. Tuttavia, finora i biomarcatori di EV-RNA sono irriproducibili. Poiché si ritiene che l’RNA sia presente all’interno delle vescicole extracellulari, le procedure attuali si concentrano sull’isolamento dell’EV-RNA intra-vescicolare. Recenti evidenze suggeriscono, tuttavia, che l’RNA delle vescicole extracellulari può essere presente anche sulla superficie delle stesse. Finanziato dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, l’obiettivo di RNA-top è quello di studiare l’esatta localizzazione dell’EV-RNA (topologia dell’RNA) per migliorare lo sviluppo di biomarcatori di EV-RNA. Verranno prodotte repliche di vescicole extracellulari sintetiche con topologia nota dell’RNA per impostare i flussi di lavoro in modo da rilevare l’EV-RNA mediante microscopia a super risoluzione e citometria a flusso spettrale. I flussi di lavoro saranno poi estrapolati per studiare la topologia dell’RNA delle vescicole extracellulari derivate dalle cellule.
Obiettivo
In RNA-top, I will investigate the precise location(s) and quantity of RNA associated with extracellular vesicles (e.g. EV-RNA topology). To achieve this goal, I will set-up innovative liposome-based synthetic vesicle models (herafter referred to as test samples), resembling EVs, with a known RNA topology. I will use these test samples to create workflows for super resolution microscopy (SRM) and spectral flow cytometry (sFCM) to study RNA topology. These workflows will be extrapolated to EV samples, to define EV-RNA topology of single EVs for the first time. The research will be conducted in the Amsterdam UMC under the supervision of Dr. Rienk Nieuwland. Nieuwland and his team have the knowledge, experience and technical infrastructure to perform SRM and sFCM to study EVs. Therefore, RNA-top will allow me to deepen my knowledge on EVs and gain skills to perform SRM and sFCM. Conversely, I will bring my expertise in liquid biopsies and RNA, obtained during my PhD in Pangaea Oncology in Barcelona (H2020-MSCA-ITN). I will carry out a secondment in the lab of Dr. Zoltn Varga (Research Center for Natural Sciences in Budapest), an expert in the field of creating test samples, to get hands-on training. At the end of the project, I will join Exometry, supervised by Dr. Edwin van der Pol (CSO), for a 6-month non-academic placement to (1) develop an analysis software to process RNA topology data and (2) gain commercialization skills. The unique interdisciplinary and inter-sectoral combination of the participating organizations and myself, unites all the expertise and infrastructure required to reach the objectives of RNA-top.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Parole chiave
Programma(i)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Invito a presentare proposte
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2021-PF-01
Vedi altri progetti per questo bandoMeccanismo di finanziamento
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinatore
1081 HV Amsterdam
Paesi Bassi