Obiettivo
How the genome controls precise, cell-type specific gene expression is crucial for cell identity and differentiation. Short cis-regulatory elements, such as enhancers, are distributed in extended regulatory domains surrounding their target gene, which in mammals typically span hundreds of kilobases. Although all evidence indicates that gene regulation is controlled by the combined action of large domains, our current understanding mostly focuses on enhancers. If and how intervening DNA sequences, enhancer order, or spacing within regulatory domains contribute to gene regulation is unknown. The reason for this largely unexplored aspect lies in our limited ability to systematically alter large genomic regions.
In this study, we will use recent advances in synthetic biology to overcome this limitation. From synthetic DNA, we will create variants of entire gene regulatory domains and integrate these into mouse embryonic stem cells. We will test synthetic regulatory domain function in tailored gene expression analyses using cell culture, organoid, and in vivo models. By investigating regulatory elements with respect to their surrounding regulatory domain, we will uncover hidden rules of gene regulation.
In variant regulatory domains we will systematically assay understudied parameters, such as enhancer spacing, order, or inter-enhancer sequences. We will use single-molecule methods to measure gene expression level; use organoid and in vivo systems to profile cell-type specific changes in expression patterns, and we will use the unique potential of synthetic DNA to understand the fundamental link between DNA sequence and chromatin composition of regulatory domains. With this interdisciplinary approach, we aim to uncover previously hidden layers of genomic information. The insights generated from this work will provide a novel and unique view on the organization of the non-coding genome, with the potential to expand our ability to read and write genomic DNA sequences.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche zoologia mammologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
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Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
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(si apre in una nuova finestra) ERC-2022-STG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
10117 Berlin
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.