Descrizione del progetto
Comprendere il codice del rivestimento non canonico
Gli mRNA sono regolati dalla loro sequenza, dal promotore e dalle modifiche, di cui il rivestimento in 5’ (m7G) è quella più nota e svolge un ruolo determinante nella stabilità e nella traduzione degli mRNA stessi; ciononostante, le recenti scoperte di rivestimenti non canonici, come il NAD+ e il NADH, suggeriscono l’esistenza di un complesso «codice del rivestimento». I metodi attualmente utilizzati al fine di identificare le strutture dei rivestimenti sono limitati. Il progetto MaDCap, finanziato dal CER, si propone di risolvere questo problema sviluppando un nuovo metodo a singola molecola volto a sequenziare direttamente i rivestimenti nativi e i loro trascritti completi di RNA. Il progetto caratterizzerà le caratteristiche dei rivestimenti in vari tessuti e stadi di sviluppo creando un atlante temporale e spaziale dettagliato degli RNA rivestiti, nell’ambito di un lavoro che permetterà di scoprire le funzioni dei rivestimenti non canonici e fornirà approfondimenti sul codice del rivestimento non canonico.
Obiettivo
From their creation to their degradation, mRNAs are under extensive regulation. This regulation is directed not only by their nucleotide sequence and their promoter but also by post- and co-transcriptional modifications attached to the RNA. One of the most ubiquitous of these modifications in eukaryotes is the 5' cap typically a methylated guanine (m7G) attached inversely to the first transcribed nucleotide. Several decades of research have revealed the m7G cap as an interface for regulating stability, splicing, polyadenylation, localization, and translation. The m7G cap was long presumed to be the only functional cap in eukaryotes, but this view was recently overturned by the discovery of the non-canonical nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) cap. Following this, several other eukaryotic cap structures were discovered: NADH, flavin adenine dinucleotide (FAD), uridine diphosphate glucose (UDP-Glc), and uridine diphosphate N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc). The function of most non-canonical caps is unknown, but their presence suggests the existence of a regulatory cap code.
Currently, the complete cap structure can only be identified through bulk methods that cleave caps from their transcripts, thereby losing the link between mRNAs and their specific caps. For NAD-caps enrichment techniques exist that can be followed by sequencing, but no such method exists for other non-canonical caps, and no sequencing method exists that can identify more than one cap. This limitation is a significant obstacle in understanding the cap code and the function of its more enigmatic members.
The objective of this project is to 1) develop a novel single-molecule method that can directly sequence native caps with their full-length RNA transcripts, 2) use this method to characterize the cap-ome across tissues and development, and 3) use the resulting temporal and spatial atlas of capped RNAs to determine the function of non-canonical caps and understand the non-canonical cap code
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Parole chiave
Programma(i)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Argomento(i)
Invito a presentare proposte
(si apre in una nuova finestra) ERC-2022-COG
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HORIZON-ERC -Istituzione ospitante
0313 Oslo
Norvegia