Using deep learning to understand computations in neural circuits with Connectome-constrained Mechanistic Models

Información del proyecto

DeepCoMechTome

Identificador del acuerdo de subvención: 101089288

DOI

10.3030/101089288

Fecha de la firma de la CE 15 Marzo 2023

Fecha de inicio 1 Julio 2023

Fecha de finalización 30 Junio 2028

Financiado con arreglo a

• European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 997 321,00

Aportación de la UE

€ 1 997 321,00

Coordinado por

EBERHARD KARLS UNIVERSITAET TUEBINGEN
Germany

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Resultado final

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of Data Management Plan

Publicaciones

Conference proceedings (6)

Inferring stochastic low-rank recurrent neural networks from neural data

Autores: Matthijs Pals, A Erdem Sağtekin, Felix Pei, Manuel Gloeckler, Jakob H. Macke
Publicado en: Conference on Neural Information Processing Systems, 2024, ISBN 9798331314385
Editor: Curran Associates, Inc.

Latent Diffusion for Neural Spiking Data

Autores: Jaivardhan Kapoor, Auguste Schulz, Julius Vetter, Felix Pei, Richard Gao, Jakob H. Macke
Publicado en: Advances in Neural Information Processing Systems, Edición 38, 2024
Editor: Curran Associates, Inc.

Simultaneous identification of models and parameters of scientific simulators

Autores: Cornelius Schröder, Jakob H. Macke
Publicado en: PMLR, Edición 235, 2024
Editor: PMLR

Sourcerer: Sample-based Maximum Entropy Source Distribution Estimation

Autores: Julius Vetter; Guy Moss 0001; Cornelius Schröder; Richard Gao; Jakob H. Macke
Publicado en: Advances in Neural Information Processing Systems 37, 2024
Editor: Curran Associates, Inc.
DOI: 10.48550/ARXIV.2402.07808

Compositional simulation-based inference for time series

Autores: Manuel Glöckler; Shoji Toyota; Kenji Fukumizu; Jakob H. Macke
Publicado en: International Conference on Learning Representations (ICLR), 2025
Editor: ICLR
DOI: 10.48550/ARXIV.2411.02728

All-in-one simulation-based inference

Autores: Manuel Gloeckler, Michael Deistler, Christian Weilbach, Frank Wood, Jakob H. Macke
Publicado en: International Conference on Machine Learning, 2024, ISSN 2640-3498
Editor: PMLR

Peer reviewed articles (5)

Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types

Autores: Yves Bernaerts; Michael Deistler; Pedro J. Gonçalves; Jonas Beck; Marcel Stimberg; Federico Scala; Andreas S. Tolias; Jakob Macke; Dmitry Kobak; Philipp Berens
Publicado en: Patterns, 2023, ISSN 2666-3899
Editor: Patterns
DOI: 10.1101/2023.03.02.530774

Jaxley: differentiable simulation enables large-scale training of detailed biophysical models of neural dynamics

Autores: Michael Deistler, Kyra L. Kadhim, Matthijs Pals, Jonas Beck, Ziwei Huang, Manuel Gloeckler, Janne K. Lappalainen, Cornelius Schröder, Philipp Berens, Pedro J. Gonçalves, Jakob H. Macke
Publicado en: Nature Methods, Edición 22, 2025, ISSN 1548-7091
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41592-025-02895-W

sbi reloaded: a toolkit for simulation-based inference workflows

Autores: Boelts, Jan; Deistler, Michael; Gloeckler, Manuel; Tejero-Cantero, Álvaro; Lueckmann, Jan-Matthis; Moss, Guy; Steinbach, Peter; Moreau, Thomas; Muratore, Fabio; Linhart, Julia; Durkan, Conor; Vetter, Julius; Miller, Benjamin; Herold, Maternus; Ziaeemehr, Abolfazl; Pals, Matthijs; Gruner, Theo; Bischoff, Sebastian; Krouglova, Nastya; Gao, Richard; Lappalainen, Janne; Mucsányi, Bálint; Pei, Felix; Schulz, Auguste; Stefanidi, Zinovia; Coelho Rodrigues, Pedro Luiz; Schröder, Cornelius; Zaid, Faried; Beck, Jonas; Kapoor, Jaivardhan; Greenberg, David; Gonçalves, Pedro; Macke, Jakob
Publicado en: Journal of Open Source Software, 2025, ISSN 2475-9066
Editor: The Journal of Open Source Software
DOI: 10.48550/ARXIV.2411.17337

Generating realistic neurophysiological time series with denoising diffusion probabilistic models

Autores: Julius Vetter; Jakob H. Macke; Richard Gao
Publicado en: Patterns, Edición 5(9), 2023, ISSN 2666-3899
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/J.PATTER.2024.101047

Connectome-constrained networks predict neural activity across the fly visual system

Autores: Janne K. Lappalainen; Fabian D. Tschopp; Sridhama Prakhya; Mason McGill; Aljoscha Nern; Kazunori Shinomiya; Shin-ya Takemura; Eyal Gruntman; Jakob H. Macke; Srinivas C. Turaga
Publicado en: Nature, Edición 634, 2024, ISSN 1476-4687
Editor: Nature
DOI: 10.15496/PUBLIKATION-102510

Other (1)

Whole-body physics simulation of fruit fly locomotion

Autores: Roman Vaxenburg; Igor Siwanowicz; Josh Merel; Alice A. Robie; Carmen Morrow; Guido Novati; Zinovia Stefanidi; Gert-Jan Both; Gwyneth M. Card; Michael B. Reiser; Matthew M. Botvinick; Kristin M. Branson; Yuval Tassa; Srinivas C. Turaga
Publicado en: Nature, 2025
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/S41586-025-09029-4