Using deep learning to understand computations in neural circuits with Connectome-constrained Mechanistic Models

Projektinformationen

DeepCoMechTome

ID Finanzhilfevereinbarung: 101089288

DOI

10.3030/101089288

EK-Unterschriftsdatum 15 März 2023

Startdatum 1 Juli 2023

Enddatum 30 Juni 2028

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 997 321,00

EU-Beitrag

€ 1 997 321,00

Koordiniert durch

EBERHARD KARLS UNIVERSITAET TUEBINGEN
Germany

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Leistungen

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of Data Management Plan

Veröffentlichungen

Conference proceedings (4)

Inferring stochastic low-rank recurrent neural networks from neural data

Autoren: Matthijs Pals, A Erdem Sağtekin, Felix Pei, Manuel Gloeckler, Jakob H. Macke
Veröffentlicht in: Conference on Neural Information Processing Systems, 2024, ISBN 9798331314385
Herausgeber: Curran Associates, Inc.

Latent Diffusion for Neural Spiking Data

Autoren: Jaivardhan Kapoor, Auguste Schulz, Julius Vetter, Felix Pei, Richard Gao, Jakob H. Macke
Veröffentlicht in: Advances in Neural Information Processing Systems, Ausgabe 38, 2024
Herausgeber: Curran Associates, Inc.

Simultaneous identification of models and parameters of scientific simulators

Autoren: Cornelius Schröder, Jakob H. Macke
Veröffentlicht in: PMLR, Ausgabe 235, 2024
Herausgeber: PMLR

All-in-one simulation-based inference

Autoren: Manuel Gloeckler, Michael Deistler, Christian Weilbach, Frank Wood, Jakob H. Macke
Veröffentlicht in: International Conference on Machine Learning, 2024, ISSN 2640-3498
Herausgeber: PMLR

Peer reviewed articles (4)

Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types

Autoren: Yves Bernaerts; Michael Deistler; Pedro J. Gonçalves; Jonas Beck; Marcel Stimberg; Federico Scala; Andreas S. Tolias; Jakob Macke; Dmitry Kobak; Philipp Berens
Veröffentlicht in: Patterns, 2023, ISSN 2666-3899
Herausgeber: Patterns
DOI: 10.1101/2023.03.02.530774

sbi reloaded: a toolkit for simulation-based inference workflows

Autoren: Boelts, Jan; Deistler, Michael; Gloeckler, Manuel; Tejero-Cantero, Álvaro; Lueckmann, Jan-Matthis; Moss, Guy; Steinbach, Peter; Moreau, Thomas; Muratore, Fabio; Linhart, Julia; Durkan, Conor; Vetter, Julius; Miller, Benjamin; Herold, Maternus; Ziaeemehr, Abolfazl; Pals, Matthijs; Gruner, Theo; Bischoff, Sebastian; Krouglova, Nastya; Gao, Richard; Lappalainen, Janne; Mucsányi, Bálint; Pei, Felix; Schulz, Auguste; Stefanidi, Zinovia; Coelho Rodrigues, Pedro Luiz; Schröder, Cornelius; Zaid, Faried; Beck, Jonas; Kapoor, Jaivardhan; Greenberg, David; Gonçalves, Pedro; Macke, Jakob
Veröffentlicht in: Journal of Open Source Software, 2025, ISSN 2475-9066
Herausgeber: The Journal of Open Source Software
DOI: 10.48550/ARXIV.2411.17337

Generating realistic neurophysiological time series with denoising diffusion probabilistic models

Autoren: Julius Vetter; Jakob H. Macke; Richard Gao
Veröffentlicht in: Patterns, Ausgabe 5(9), 2023, ISSN 2666-3899
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/J.PATTER.2024.101047

Connectome-constrained networks predict neural activity across the fly visual system

Autoren: Janne K. Lappalainen; Fabian D. Tschopp; Sridhama Prakhya; Mason McGill; Aljoscha Nern; Kazunori Shinomiya; Shin-ya Takemura; Eyal Gruntman; Jakob H. Macke; Srinivas C. Turaga
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 634, 2024, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Nature
DOI: 10.15496/PUBLIKATION-102510

Other (1)

Whole-body physics simulation of fruit fly locomotion

Autoren: Roman Vaxenburg; Igor Siwanowicz; Josh Merel; Alice A. Robie; Carmen Morrow; Guido Novati; Zinovia Stefanidi; Gert-Jan Both; Gwyneth M. Card; Michael B. Reiser; Matthew M. Botvinick; Kristin M. Branson; Yuval Tassa; Srinivas C. Turaga
Veröffentlicht in: Nature, 2025
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/S41586-025-09029-4