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Molecular Dynamics Data Bank. The European Repository for Biosimulation Data

Projektbeschreibung

Molekulardynamiksimulation für die biologische und chemische Forschung

Molekulardynamiksimulationen sind weit verbreitet und haben vielen wissenschaftlichen Disziplinen zu großen Fortschritten verholfen. Es werden Millionen Supercomputerstunden für die Erfassung von Atom- und Molekülbewegungen aufgewendet, um große Mengen an Simulationsdaten zu erzeugen. Jedoch kann die Forschungsgemeinschaft sie nicht richtig auswerten, da es nicht üblich ist, Daten auszutauschen, und es an einer geeigneten Infrastruktur fehlt. Resultat der eingeschränkten Analyse ist der Verlust von Daten. In diesem Kontext wird das EU-finanzierte Projekt MDDB ein europaweites Archiv für Molekulardynamiksimulationen (und die passenden Analysewerkzeuge) entwickeln, das in die allgemeine biologische und chemische Forschung integriert werden soll. Das Projekt wird die Rechenressourcen optimieren, die Analyse (und Metaanalyse) von Atom- und Molekülbewegungen für verschiedene Perspektiven und Gebiete fördern sowie einen schnellen und effizienten Informationsaustausch zwischen einzelnen Gruppen gewährleisten.

Ziel

After decades of development and a Nobel prize, Molecular Dynamics (MD) has reached maturity. It is no longer an exotic technique used by a small group of theoreticians but rather a method extensively used by a very large community of users. Millions of supercomputer hours are devoted to collecting trajectories, thus producing a deluge of simulation data that the community is unable to handle. A poor tradition of data sharing and the lack of appropriate infrastructures to do so lead to the loss of data after limited analysis that most likely revealed only a small fraction of the information contained. Sparse initiatives to build trajectory repositories have encountered difficulties related to: i) the lack of trust of the community in the reliability of the data deposited; ii) the lack of interoperable standards and simulation ontologies; iii) uncertainties regarding the database technology required; v) difficulties of the users to interact in an open manner with the data; and vi) disconnection of the MD-field with neighboring communities. The MDDB projects intends to design a European-scale repository of MD simulation (and associated analysis tools), which will: i) optimize computational resources; ii) favor the analysis (and meta-analysis) of trajectories for many different perspectives and fields; iii) guarantee a fast and efficient interchange of information between groups; and iv) facilitate the integration of the MD simulation field into neighboring communities. The overall result will be a more efficient use of MD and the integration of the MD field into mainstream biology and chemistry research.

Koordinator

FUNDACIO INSTITUT DE RECERCA BIOMEDICA (IRB BARCELONA)
Netto-EU-Beitrag
€ 737 814,00
Adresse
CARRER BALDIRI REIXAC 10-12 PARC SCIENTIFIC DE BARCELONA
08028 Barcelona
Spanien

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Region
Este Cataluña Barcelona
Aktivitätstyp
Research Organisations
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Gesamtkosten
€ 737 815,00

Beteiligte (4)

Partner (2)