Description du projet
Zoom sur l’évolution du microbiome intestinal
Le microbiome intestinal est une communauté complexe de milliers de milliards de micro-organismes, dont des bactéries, des virus et des champignons, qui vivent dans le tube digestif et jouent un rôle primordial dans la digestion, l’immunité et la santé en général. Comprendre comment la diversité du microbiome évolue est essentiel à la santé de l’hôte. Le projet EvoInHi, financé par le CER, s’appuiera le microbiome intestinal comme système modèle pour étudier l’écologie microbienne et découvrir le rôle de la sélection naturelle dans la santé et la maladie. Il concentrera ses travaux sur Escherichia coli et exploreront l’impact de la compétition pour les ressources dans la sélection microbienne dans des intestins sains et la façon dont les fluctuations de l’environnement est altéré.
Objectif
The mammalian gut is an exquisite system to study ecology and evolution of microbes, and these processes are key for host-microbiome homeostasis. How microbiome diversity is maintained or lost is a critical question underlying the proper balance of this duet. Yet, our knowledge of the eco-evolutionary mechanisms structuring microbiomes is still in its infancy. Here, we seek to identify dominant modes of natural selection and host factors that modulate the evolution of their microbes. By leveraging knowledge on gene functions in specific strains and the power of mouse genetics and husbandry, we will unravel how natural selection operates to shape diversity in the bacteria that inhabit the guts of healthy and sick hosts.
Microbiome evolution will be studied in several mouse models of disease with a focus on Escherichia coli as a pathobiont model, for which a deeper understanding of molecular mechanisms in health vs disease can be reached. Using long-term experimental evolution in vivo, high-throughput sequencing and theoretical modelling we will quantify the relative roles of directional, diversifying and fluctuating selection in gut evolution. We posit that resource competition drives the dominant selection mode in the healthy gut and that strong fluctuations in the environment, due to phage-bacteria co-evolution and/or due to hostmicrobe interactions, drive the selection mode in the gut of diseased hosts.
We will further test the hypothesis that fluctuating selection leads to an Anna Karenina effect whereby the microbiomes of unhealthy individuals are much more distinct between one another than those of heathy ones. EvoInHi seeks to find the first empirical evidence that the predictability of evolution is higher in health than in disease, which will have a profound impact on understanding bacteria diversity and rates of specialization and how these can be used to modulate host health.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
Vous devez vous identifier ou vous inscrire pour utiliser cette fonction
Programme(s)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Thème(s)
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2022-ADG
Voir d’autres projets de cet appelRégime de financement
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstitution d’accueil
1067-001 LISBOA
Portugal