Projektbeschreibung
Forschung und kollaborative Filterung für das Wirkstoffscreening verknüpfen
Wirkstoffentwicklungspipelines verursachen hohe Kosten, haben kurze Laufzeiten und weisen hohe Misserfolgsquoten auf. Drug Repurposing, die Umnutzung von Wirkstoffen, wobei vorhandene Verbindungen systematisch durchsucht werden, um neuartige therapeutische Anwendungsmöglichkeiten zu entdecken, stellt daher eine Lösung dar. Bei der kollaborativen Filterung kommen etablierte Assoziationen zwischen Wirkstoffen und Krankheiten zum Einsatz, um neue Empfehlungen zu formulieren. Bei früheren Untersuchungen wurde jedoch nicht genügend Wert auf die Überwachung durch den Menschen gelegt, und es gab Widerstände gegen die Einbeziehung biologischer Daten. Das Ziel des im Rahmen der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen finanzierten Projekts RECeSS besteht darin, die Lücke zwischen Wirkstoffforschung und kollaborativer Filterung durch die Nutzung eines Klassifikators zu schließen. Dieser Klassifikator befasst sich mit dem Problem des Klassenungleichgewichts innerhalb von Paarungen zwischen Wirkstoff und Krankheit und dem Vorhandensein unvollständiger Wirkstoff-/Krankheitsmerkmale, wobei ein Ansatz des halbüberwachten Lernens verwendet wird. Über Anreicherungsanalysen werden Verbindungen zwischen projizierten Übereinstimmungen und gestörten biologischen Signalwegen hergestellt.
Ziel
In 2021, drug development pipelines last 10 years in average, and cost around $2 billion, while facing high failure rates, as only around 10% of Phase 0 drug candidates reach the commercialization stage. These issues can be mitigated through drug repurposing, where existent compounds are systematically screened for new therapeutic indications. Collaborative filtering is a semi-supervised learning framework that leverages known drug-disease matchings to make novel recommendations. However, prior works cannot be leveraged because of their lack of focus on human oversight and robustness to biological data.
This project aims at bridging the gap between drug research and collaborative filtering by implementing a RECeSS classifier, that is
(1) Robust: deals with class imbalance in drug-disease matchings, and missing drug/disease features, by semi-supervised learning;
(2) Explainable: connects predicted matchings to perturbed biological pathways through enrichment analyses, based on the learnt importance of features in the model;
(3) Controllable: guarantees a bound on the false positive rate using an adaptive learning scheme;
(4) Standard: algorithms are trained and tested by a standardized open-source pipeline.
Predicted matchings will be independently validated by structure-based methods. This innovative interdisciplinary project relies on a solid basis of newly curated data (up to 1,386 drugs, 1,599 diseases, 12 feature types). It is primarily supervised by Pr. Olaf Wolkenhauer, at SBI Rostock, whose team has an expertise in drug repurposing, in systems biology and data imbalance in machine learning. This project will help the fellow develop new skills, and enhance her professional maturity in academia.
In the short term, this would yield the first method that fully integrates biological interpretation and risk assessment to collaborative filtering-based repurposing. Long-term outcomes might help define sustainable and transparent drug development for rare diseases.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Grundlagenmedizin Pharmakologie und Pharmazie Arzneimittelforschung
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigenKoordinator
Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
18055 Rostock
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.