Descripción del proyecto
Perfilar en plantas una red reguladora de respuesta al estrés poco caracterizada
Las moléculas de ARN de transferencia transportan los aminoácidos a los ribosomas durante la síntesis de proteínas. Los ARN pequeños derivados del ARN de transferencia (tsARN) son un tipo de ARNt no codificante ampliamente reconocido como esencial para la traducción de proteínas. Aunque las pruebas sugieren que estas moléculas en las plantas se expresan en gran medida en condiciones de estrés, no está claro qué mecanismos conducen a su acumulación, en qué procesos biológicos influyen o cuáles son sus mecanismos de acción. Al tratarse de una red reguladora de las plantas que responde al estrés, en gran medida no caracterizada, este sistema tiene un enorme potencial de aplicación en la agricultura. Con el apoyo de las acciones Marie Skłodowska-Curie, el equipo del proyecto UNROOT tiene previsto explorar el mecanismo preciso, el impacto global y la población completa de tsARN en las plantas.
Objetivo
This proposal aims to explore the precise mechanism, overall impact and complete population of the small RNAs derived of transfer RNAs (tsRNAs) in plants. The proposed research would be carried out in a laboratory that specializes in RNA regulation and that made substantial contributions to the plant tRNA-derived sRNA field (Dr. German Martinez). Although it has been described that these molecules are highly expressed in stress conditions, we still lack a clear understanding of the biogenesis pathways that lead to tsRNA accumulation, as well as of the array of biological processes they influence and their mechanism of action. Additionally, because of the widespread presence of RNA modifications in these molecules, the unbiased genome-wide quantification is not possible with the conventional sequencing technologies. Therefore, these molecules represent a largely uncharacterized stress-responsive regulatory network in plants, and thus an exciting source of potential applications for agriculture. The experimental approach of this project will use a model plant (Arabidopsis thaliana) in order to characterize the tsRNA population and evaluate the importance of this regulatory layer under viral stress. First, a method to compare the accumulation profiles of tsRNAs based on the enzymatic removal of RNA modifications will be implemented. Second, the biogenesis pathway of tRNA-derived sRNAs will be studied using mutant plants, and how this affects viral infection will be evaluated with these mutant plants. Third, the genes targeted by tRNA-derived sRNAs will be identified using a combined approach based on the immunoprecipitation of crosslinked AGO proteins and ribosome profiling that determines the translation rate. Overall, the data that this project would obtain has the potential to shift our understanding of tsRNAs and provide cutting-edge applications for agriculture. Thus, the completion of this project would provide me a considerable professional maturity.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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- ciencias naturalesciencias biológicasbioquímicabiomoléculasproteínas
- ciencias agrícolasagricultura, silvicultura y pescaagricultura
- ciencias naturalesciencias biológicasgenéticaARN
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Palabras clave
Programa(s)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Régimen de financiación
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinador
750 07 Uppsala
Suecia