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Understanding the role and biogenesis of transfer RNA-derived small RNAs in plants

Description du projet

Établir le profil d’un réseau de régulation de la réponse au stress largement non caractérisé chez les plantes

Les molécules d’ARN de transfert (ARNt) transportent les acides aminés jusqu’aux ribosomes pendant la synthèse des protéines. Les petits ARN dérivés de l’ARN de transfert (ARNts) sont un type d’ARNt non codant largement reconnu comme essentiel à la traduction des protéines. Bien qu’il soit prouvé que ces molécules sont fortement exprimées dans les plantes en cas de stress, les mécanismes qui conduisent à leur accumulation, les processus biologiques qu’elles influencent et leurs mécanismes d’action restent vagues. Or ce système, qui constitue un réseau de régulation en réponse au stress largement non caractérisé chez les plantes, présente un énorme potentiel d’applications dans le domaine de l’agriculture. Avec le soutien du programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet UNROOT prévoit d’étudier le mécanisme précis, l’impact global et la population complète des ARNts dans les plantes.

Objectif

This proposal aims to explore the precise mechanism, overall impact and complete population of the small RNAs derived of transfer RNAs (tsRNAs) in plants. The proposed research would be carried out in a laboratory that specializes in RNA regulation and that made substantial contributions to the plant tRNA-derived sRNA field (Dr. German Martinez). Although it has been described that these molecules are highly expressed in stress conditions, we still lack a clear understanding of the biogenesis pathways that lead to tsRNA accumulation, as well as of the array of biological processes they influence and their mechanism of action. Additionally, because of the widespread presence of RNA modifications in these molecules, the unbiased genome-wide quantification is not possible with the conventional sequencing technologies. Therefore, these molecules represent a largely uncharacterized stress-responsive regulatory network in plants, and thus an exciting source of potential applications for agriculture. The experimental approach of this project will use a model plant (Arabidopsis thaliana) in order to characterize the tsRNA population and evaluate the importance of this regulatory layer under viral stress. First, a method to compare the accumulation profiles of tsRNAs based on the enzymatic removal of RNA modifications will be implemented. Second, the biogenesis pathway of tRNA-derived sRNAs will be studied using mutant plants, and how this affects viral infection will be evaluated with these mutant plants. Third, the genes targeted by tRNA-derived sRNAs will be identified using a combined approach based on the immunoprecipitation of crosslinked AGO proteins and ribosome profiling that determines the translation rate. Overall, the data that this project would obtain has the potential to shift our understanding of tsRNAs and provide cutting-edge applications for agriculture. Thus, the completion of this project would provide me a considerable professional maturity.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Mots‑clés

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2022-PF-01

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Coordinateur

SVERIGES LANTBRUKSUNIVERSITET
Contribution nette de l'UE
€ 206 887,68
Adresse
ALMAS ALLE 8
750 07 Uppsala
Suède
Région
Östra Sverige Östra Mellansverige Uppsala län
Type d’activité
Higher or Secondary Education Establishments
Liens
Coût total
Aucune donnée