Objetivo
In this project, I will perform computer simulations and develop new computational methods to elucidate viral functions and RNA. The first two years will take place in the group of Prof Voth in Chicago. Here, I will characterize and quantitatively describe proteolytic cleavage of the CA/SP1 subdomain of the Gag-protein in HIV using quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) Molecular Dynamics simulations (MD). Furthermore, I will employ free energy techniques to simulate binding and unbinding of the protease to CA/SP1 to determine the binding and configurational free energies. These processes are essential for HIV maturation and hence also targeted by drugs. Subsequently, I will parameterize Coarse-grained models for the Protease/CA/SP1 system and develop a Coarse-grained Green's Function Reaction Dynamics method. This method combines the Coarse-grained description with the mesoscopic scale, and hence allows me to simulate structural assembly of the virus capsid coupled to proteolytic cleavage at physiological conditions. This coherent computational approach targets biomolecular processes of outmost relevance, and will greatly advance our understanding, but likewise also push the boundaries of molecular simulations due to the methodological innovations. The third year will be spent in Trieste, in the group of Prof Bussi. In this period, I will develop a hybrid all-atom molecular mechanics / Coarse-grained (MM/CG) model for RNA. It facilitates the simulation of RNA fragments at atomistic resolution while capturing long-range allosteric interactions due to the Coarse-grained representation of the surrounding. This will set a new standard to simulate RNA macromolecules and offers a wide range of application.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología virología
- ciencias médicas y de la salud ciencias de la salud enfermedad infecciosa virus de ARN VIH
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ARN
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-GF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - Global Fellowships
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
34136 Trieste
Italia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.