Obiettivo
In this project, I will perform computer simulations and develop new computational methods to elucidate viral functions and RNA. The first two years will take place in the group of Prof Voth in Chicago. Here, I will characterize and quantitatively describe proteolytic cleavage of the CA/SP1 subdomain of the Gag-protein in HIV using quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) Molecular Dynamics simulations (MD). Furthermore, I will employ free energy techniques to simulate binding and unbinding of the protease to CA/SP1 to determine the binding and configurational free energies. These processes are essential for HIV maturation and hence also targeted by drugs. Subsequently, I will parameterize Coarse-grained models for the Protease/CA/SP1 system and develop a Coarse-grained Green's Function Reaction Dynamics method. This method combines the Coarse-grained description with the mesoscopic scale, and hence allows me to simulate structural assembly of the virus capsid coupled to proteolytic cleavage at physiological conditions. This coherent computational approach targets biomolecular processes of outmost relevance, and will greatly advance our understanding, but likewise also push the boundaries of molecular simulations due to the methodological innovations. The third year will be spent in Trieste, in the group of Prof Bussi. In this period, I will develop a hybrid all-atom molecular mechanics / Coarse-grained (MM/CG) model for RNA. It facilitates the simulation of RNA fragments at atomistic resolution while capturing long-range allosteric interactions due to the Coarse-grained representation of the surrounding. This will set a new standard to simulate RNA macromolecules and offers a wide range of application.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia virologia
- scienze mediche e della salute scienze della salute malattie infettive virus a RNA HIV
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-GF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - Global Fellowships
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
34136 Trieste
Italia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.