Objectif
In this project, I will perform computer simulations and develop new computational methods to elucidate viral functions and RNA. The first two years will take place in the group of Prof Voth in Chicago. Here, I will characterize and quantitatively describe proteolytic cleavage of the CA/SP1 subdomain of the Gag-protein in HIV using quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) Molecular Dynamics simulations (MD). Furthermore, I will employ free energy techniques to simulate binding and unbinding of the protease to CA/SP1 to determine the binding and configurational free energies. These processes are essential for HIV maturation and hence also targeted by drugs. Subsequently, I will parameterize Coarse-grained models for the Protease/CA/SP1 system and develop a Coarse-grained Green's Function Reaction Dynamics method. This method combines the Coarse-grained description with the mesoscopic scale, and hence allows me to simulate structural assembly of the virus capsid coupled to proteolytic cleavage at physiological conditions. This coherent computational approach targets biomolecular processes of outmost relevance, and will greatly advance our understanding, but likewise also push the boundaries of molecular simulations due to the methodological innovations. The third year will be spent in Trieste, in the group of Prof Bussi. In this period, I will develop a hybrid all-atom molecular mechanics / Coarse-grained (MM/CG) model for RNA. It facilitates the simulation of RNA fragments at atomistic resolution while capturing long-range allosteric interactions due to the Coarse-grained representation of the surrounding. This will set a new standard to simulate RNA macromolecules and offers a wide range of application.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie virologie
- sciences médicales et de la santé sciences de la santé maladie infectieuse virus à ARN VIH
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-GF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - Global Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
34136 Trieste
Italie
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.