Description du projet
Utiliser de l’ADN ancien pour retracer la propagation de la tuberculose en Amérique du Sud
La tuberculose est une maladie hautement infectieuse causée par le complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC). La recherche s’est principalement concentrée sur des lignées spécifiques, en particulier la lignée 4, qui s’est répandue de l’Europe vers les Amériques au cours de l’expansion coloniale. Cependant, les progrès récents de la recherche sur l’ADN ancien offrent la possibilité d’une compréhension plus complète de cette maladie. Le MTBC est probablement apparu il y a 6 000 ans, à une époque plus tardive que ce que l’on pensait jusqu’à présent. Le projet PATHOGEN, financé par l’UE, utilisera des méthodes d’analyse de l’ADN ancien pour étudier les infections tuberculeuses positives chez l’homme en Argentine. Son objectif est de mettre en lumière la diversité et la propagation des souches de MTBC dans le cône sud des Amériques et de fournir une nouvelle perspective sur l’évolution et l’histoire épidémiologique de la tuberculose.
Objectif
Tuberculosis (TB), the infectious disease produced by the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC), remains one of the highest
global disease burdens. However, the current body of knowledge on the MTBC is biased towards certain lineages, particularly lineage 4 that spread from Europe to the Americas during colonial expansion. Recent advances in ancient DNA research have the potential to broaden this picture with the recovery and analysis of whole genomes from strains that infected human populations in the past. Indeed, these approaches have been recently used to identify ancient MTBC animal associated strains infecting humans in South American before the arrival of Europeans. Analysis of these strains estimated that the MTBC most likely emerged during the Neolithic approximately 6000 years ago (much later than previously thought). The PATHOGEN project, will seek to use these approaches to shed new light on the emergence, diversity and spread of MTBC strains in the Southern Cone of the Americas, a neglected region concerning the epidemiological history of TB. By employing ancient DNA methods to examine and screen putatively positive TB infections of humans from archaeological and historic contexts of the current territory of Argentina, I will potentially provide genomic representation of TB histories over a broad time transect from precolonial populations to post-colonial cemeteries. With these data, I will perform phylogenomic and molecular clock analyses to investigate i) changes in strain diversity over time in the region, ii) the historical and socio-economical contexts that favoured the emergence and spread of the detected strains, iii) the emergence of genetic changes with potential clinical relevance identified in MTBC strains over the past centuries. By offering a view of the past, the PATHOGEN project will increase our understanding of the diversity of MTBC across time and contribute a new perspective of the evolutionary and epidemiological histories of TB.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
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- lettreshistoire et archéologiehistoire
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueADN
- sciences médicales et de la santémédecine cliniquepneumologietuberculose
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Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Appel à propositions
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HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinateur
75724 Paris
France