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Cerebellar ataxia spatiotemporal transcriptomics atlas

Projektbeschreibung

Atlas des Kleinhirns zur Erfassung der „Signaturen“ der zerebellären Ataxie

Bei den zerebellären Ataxien handelt es sich um eine Familie seltener, genetisch bedingter neurodegenerativer Erkrankungen, die durch den Verlust von Purkinje-Neuronen im Kleinhirn gekennzeichnet sind. Obwohl sie klinisch homogen sind (Verlust von Koordination und Sprache), weisen sie eine enorme genetische Heterogenität (heterogene Krankheitsgene) auf. Jüngste Forschungen haben eine Gemeinsamkeit der Regulationsstörungen aufgezeigt, an denen häufig Kalzium-, Glutamat- und Inositphosphat-Signalwege beteiligt sind. Die Mechanismen der Dysregulation und ihre Beziehung zu den Purkinje-Neuronen sind allerdings nicht bekannt. Ziel des über die Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen unterstützten Projekts AtaxAtlas ist es, einen Atlas des Kleinhirns zu erstellen, der die „Signaturen“ der zerebellären Ataxie erfasst. Dazu werden modernste Einzelzellansätze (Transkriptomik und „Proteinvalidierung“) in zwei Mausmodellen zur zerebellären Ataxie in zwei verschiedenen Krankheitsstadien eingesetzt.

Ziel

Inherited Cerebellar ataxia (CAs) is a large and multifaceted group of rare genetic neurodegenerative diseases affecting mainly the cerebellum and its connection, leading to the loss of coordination and ataxia phenotype. Purkinje neurons (PN) are crucial cells for cerebellar functionality, but also very sensitive neurons. Indeed, they were found as the most vulnerable cerebellar neurons in many CAs, both in mouse and human samples. Although CAs show high genetic heterogeneity and have different disease-genes, they converge into similar phenotypic features and recent papers highlighted common deregulated key pathways. The current research landscape, indeed, points out towards the identification of calcium, glutamate and inositol phosphate signaling as frequently dysregulated. However, there is yet no comprehensive analysis of degenerative mechanisms, in particular in PNs, that could prioritize molecular targets for therapeutic development.
Our metanalysis readouts suggest converging pathophysiological points across different CAs, which so far remain poorly understood and need to be characterized. To this aim in this application, we propose to investigate in depth cerebellum CA signature taking advantage of cutting-edge single-cell profiling approaches in two flagship CA mouse models (SCA7, ARCA2) at two different disease stages. The combination of transcriptomics (single-nucleus RNA sequencing, probe-based spatial transcriptomics) and protein validation will help us to build a cerebellum atlas in the context of CA. The goal will be reached through the effort and synergism of a multi-disciplinary task force comprising biological, -omics approaches and computational expertise.
The results will be presented and communicated during international conferences, via social media and, finally, published in peer-reviewed journals in order to reach a broad scientific community. Also, the data will be used to inform lay audience through the collaboration with patient association

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.

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