Objectif
The physical organization of bacterial chromosomes is inherently variable, with large conformational fluctuations both from cell to cell and over time. Yet, chromosomes must also be structured to facilitate processes such as transcription, replication, and segregation. A physical description of this dynamic statistical folding of bacterial chromosomes remains largely elusive.
Hi-C experiments probe chromosome organization by measuring average contact frequencies of chromosomal loci pairs. Despite the rapidly expanding database of high-resolution Hi-C data for many bacterial species and conditions, these data are still mainly interpreted on a case-by-case basis and with qualitative or heuristic methods.
My goal is to develop a principled unifying approach to infer and analyze the dynamic organization of chromosomes from bacterial Hi-C data. This data-driven approach aims to unravel the dynamic statistical folding of chromosomes and its impact on functional processes in growing and replicating bacteria.
We will infer a bacterial chromosome model from state-of-the-art data using learning methods at the intersection of information theory and statistical mechanics. By combining data-driven with mechanistic modelling approaches, we aim to:
Decode information contained in Hi-C data by learning both 3D steady-state and 4D dynamic models for the statistical organization of chromosomes.
Provide a unifying statistical mechanics analysis of the dynamic statistical folding of chromosomes across bacterial species under both steady-state and replicating conditions.
Develop theoretical methods using pairwise and multi-contact statistics to study the topology of statistical chromosome folding.
My research will advance the field by providing a conceptual understanding of the physical and mechanistic principles that underlie chromosome organization in developing bacteria. This work could shed new light on vital functional processes such as chromosome segregation.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information bases de données
- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie bactériologie
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2023-COG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1081 HV Amsterdam
Pays-Bas
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.