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Moving from whole genome cfDNA methylation to a PCR-based liquid biopsy assay for detecting high-risk atherosclerotic plaques

Description du projet

Une nouvelle approche de la détection des maladies cardiaques

Le diagnostic de la maladie coronarienne représente un défi urgent, alors qu’elle est à l’origine de 45 % des décès chez les femmes et de 39 % chez les hommes dans l’UE. La maladie coronarienne est souvent diagnostiquée plus tardivement chez les femmes en raison des caractéristiques moins reconnaissables de la plaque. Ce délai est critique car l’ischémie cardiaque exige une attention immédiate. C’est pourquoi le projet U-BiomarCARE, financé par le CER, cherche à résoudre ce problème en développant une méthode basée sur la PCR pour détecter les signaux de méthylation de l’ADN spécifiques à la plaque dans le plasma. En cas de succès, cette approche pourrait révolutionner la détection de la maladie coronarienne, en permettant une identification rapide et précise des maladies cardiaques chez les femmes et les hommes, et en ouvrant la voie à des applications commerciales potentielles dans le domaine des soins de santé.

Objectif

General practitioners and cardiologists are faced every day with challenging decisions on whom to refer for diagnostics of coronary artery disease (CAD) as sign and symptoms of cardiac ischemia require immediate action. Diagnosis of CAD is key as ischemic heart disease accounts for 45% of deaths in females and 39% in males in the European Union. Yet, diagnosis of CAD in women is regularly delayed and often unrecognized.
As the main pathology underlying CAD, it is essential to understand atherosclerotic plaque biology. In recent years, my research group and others have identified clear sex differences in the atherosclerotic plaque morphology and its (epi)genetic regulation. One consequence is that female plaques are more difficult to detect than male plaques, especially those which cause symptoms. As part of the ERC UCARE project, we uncovered a plaque-specific epigenetic signal in cell-free DNA from plasma of women with CAD. This signal consisted of hypomethylated regions specific for plaques that can be detected in plasma cell-free DNA. Our methods thus far have been focused on whole genome sequencing analyses. Yet, for studying the predictive value of these regions in large cohorts of patients with CAD, as well as exploring commercial potential, we need to develop a more specific methodology.
Our aim in this current U-BiomarCARE project is to investigate if the methylation status of plaque-specific regions can be detected in plasma with a PCR-based method. Once we prove that this methodology is reproducible and comparable to whole genome DNA methylation sequencing, we can perform large biomarker studies in both women and men suspected of heart disease and explore potential commercialization of plaque-specific cell-free DNA methylation profiles to accurately detect CAD. This will be a game changer for the healthcare sector as it will allow a specific and timely detection of dangerous atherosclerotic plaques both in men and women.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.

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Institution d’accueil

UNIVERSITAIR MEDISCH CENTRUM UTRECHT
Contribution nette de l'UE
€ 150 000,00

Bénéficiaires (1)