Learning the interaction rules of antibody-antigen binding

Informations projet

AB-AG-INTERACT

N° de convention de subvention: 101125630

DOI

10.3030/101125630

Date de signature de la CE 4 Decembre 2023

Date de début 1 Janvier 2024

Date de fin 31 Decembre 2028

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

UNIVERSITETET I OSLO
Norway

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Publications

Peer reviewed articles (5)

PEPE: scalable extraction of multi-modal protein language model representations

Auteurs: Jahn Zhong, Niccolò Cardente, Geir Kjetil Sandve, Habib Bashour, Maria Francesca Abbate, Victor Greiff
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 42, 2026, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIOINFORMATICS/BTAG375

From virtual experiments to biomedical insight with synthetic data

Auteurs: Margarida Victoriano, Milena Pavlović, Geir Kjetil Sandve, Hélder P. Oliveira, Artur Rocha, Victor Greiff
Publié dans: Nature Machine Intelligence, Numéro 8, 2026, ISSN 2522-5839
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S42256-026-01244-6

Systematic benchmarking of mass spectrometry-based antibody sequencing reveals methodological biases

Auteurs: Maria Chernigovskaya, Khang Lê Quý, Maria Stensland, Sachin Singh, Rowan Nelson, Melih Yilmaz, Konstantinos Kalogeropoulos, Pavel Sinitcyn, Anand Patel, Natalie Castellana, Stefano Bonissone, Stian Foss, Jan Terje Andersen, Geir Kjetil Sandve, Timothy Patrick Jenkins, William S. Noble, Tuula A. Nyman, Igor Snapkow, Victor Greiff
Publié dans: Cell Systems, Numéro 16, 2026, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CELS.2025.101449

Identification of a type 1 diabetes–associated T cell receptor repertoire signature from the human peripheral blood

Auteurs: Rawat, Puneet and Shapiro, Melanie R and Peters, Leeana D and Widrich, Michael and Mayer-Blackwell, Koshlan and Motwani, Keshav and Pavlovi{\'c}, Milena and Al Hajj, Ghadi and Posgai, Amanda L and Kanduri, Chakravarthi and others
Publié dans: Science Advances, ISSN 2375-2548
Éditeur: Science Advances
DOI: 10.1126/SCIADV.ADX744

Training data composition determines machine learning generalization and biological rule discovery

Auteurs: Eugen Ursu; Aygul Minnegalieva; Puneet Rawat; Maria Chernigovskaya; Robi Tacutu; Geir Kjetil Sandve; Philippe A. Robert; Victor Greiff
Publié dans: Nature Machine Intelligence, 2025, ISSN 2522-5839
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2024.06.17.599333