Description du projet
Découvrir les stratégies de défense des bactéries
Les bactéries sont vitales pour les écosystèmes, un seul gramme de sol abritant jusqu’à 10 milliards de cellules. Pourtant, elles sont constamment menacées par des prédateurs: les protozoaires, des eucaryotes unicellulaires qui consomment les bactéries, et les bactériophages, des virus qui les infectent et les tuent. Ensemble, ces prédateurs détruisent quotidiennement jusqu’à 20 % de la population bactérienne mondiale, ce qui pousse les bactéries à développer des mécanismes de défense. Malgré leur importance, les interactions entre ces trois groupes restent mal comprises. Avec le soutien du programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet DictyDefense explore comment les prophages (virus intégrés dans les génomes bactériens) aident les bactéries à se défendre contre la prédation des protozoaires. Le projet utilise des tests fluorescents et des techniques avancées pour découvrir les mécanismes génétiques et biochimiques à l’origine de ces stratégies de défense.
Objectif
Bacteria are the backbone of natural communities. A single gram of soil may contain up to 10 billion cells. Two types of bacterial predators are also abundant: protozoa, single-celled eukaryotes that phagocytize bacteria, and bacteriophages (phages), viruses that only infect bacteria. Each day, up to 20% of the global bacterial population is killed by these two predators. This puts pressure on bacteria to adapt defense strategies, but also on each predator to out-compete the other. However, the interplay between bacteria, phages, and protozoa is rarely studied.
Certain phages can integrate into bacterial genomes, becoming prophages, and encode beneficial traits for host fitness, like protection from other phages. My hypothesis is that prophages encode defense mechanisms that may interfere with protozoan predation and protect the bacterial host, thereby indirectly benefiting the prophage.
To investigate this, I will develop a high-throughput quantitative fluorescence predation assay, using the amoeba Dictyostelium discoideum as the model protozoan. Changes in abundance of fluorescently tagged bacteria with and without defense functions will report the strength of predation defense in a large bacterial isolate panel harbouring thousands of prophages. The assay will be scaled up with robotics platforms. Gain of function screens will be used to link defense phenotype with individual genes. After prioritizing the defense hits for novel biology, the major stages of predation that are inhibited can be observed by real time tracking of interactions between fluorescently tagged cells. Biochemical and genetic follow-ups will pinpoint the exact mechanisms of defense. Proteomic, transcriptomic, and lipidomic methods will assess changes in bacterial and protozoan physiology. Overall, this proposal addresses an important blind-spot in the interactions of bacteria, protozoa, and phages and will reveal new aspects on how predatory interactions shape microbial ecosystems.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie bactériologie
- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie virologie
- sciences naturelles sciences biologiques écologie écosystème
- sciences naturelles sciences biologiques sciences biologiques du comportement éthologie interaction biologique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
Vous devez vous identifier ou vous inscrire pour utiliser cette fonction
Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
-
HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2023-PF-01
Voir tous les projets financés au titre de cet appelCoordinateur
La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
69117 Heidelberg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.