Description du projet
Décoder la régulation génique
Les activateurs géniques jouent un rôle important dans la régulation spatio-temporelle de l’expression génétique, essentielle à la différenciation des tissus et à la diversification des types cellulaires. La manière dont ces activateurs identifient et interagissent avec les promoteurs de leurs gènes cibles demeure toutefois mal comprise. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet DEPI entend percer ce mystère en s’appuyant sur la Nuclear-Titrated (NuTi) Capture-C, une technique appliquée à l’ensemble du génome qui permet de cartographier à haute résolution les interactions entre les promoteurs et les activateurs (IPA). En analysant un vaste ensemble de données portant sur plus de 16 000 promoteurs de gènes à différents stades de développement des embryons de drosophile, les chercheurs souhaitent établir un atlas des IPA spécifiques aux tissus et aux stades de développement. En intégrant des jeux de données génomiques, le projet permettra de découvrir les caractéristiques qui déterminent la spécificité P-A et d’identifier les facteurs qui régulent ces interactions, créant ainsi une ressource en ligne pour l’ensemble de la communauté de régulation du génome.
Objectif
Enhancers control spatio-temporal gene expression, which is central to the diversification of cell-types and tissue differentiation. Enhancers can be located in close proximity to, or distally from, their target genes promoters, including in introns of non-cognate genes. To regulate gene expression, distal enhancers (E) must come into proximity to interact with their promoters (P) through folding/looping of the intervening DNA. How enhancers identify and regulate their specific target gene remains poorly understood and is subject of this proposal. Chromosome conformation capture based techniques such as Nuclear-Titrated (NuTi) Capture-C are powerful tools for the genome-wide investigation of enhancerpromoter proximity/interactions (EPIs) at sub-kilobase resolution. This project aims to uncover general features of EPIs by measuring and characterizing EPIs using NuTi Capture-C across many different developmental stages and tissues during Drosophila embryogenesis. I will analyze a massive Capture-C dataset already generated by host lab, capturing interactions from 16,663 genes promoters each at eight different conditions (with four replicates), thereby providing unprecedented scale and resolution. I will integrate this Capture-C resource with multiple genome-wide datasets (gene expression, histone marks and chromatin accessibility) from the host lab and others. The analysis of this comprehensive EPIs atlas will link enhancers to promoters (genome-wide), characterize features driving E-P specificity and potentially identify novel factors involved in their establishment. This new view of tissue- and developmental stage- specific EPIs will serve as a unique resource that we will share through a user-friendly web-based portal to a large community using this important model organism. The biological insights that we uncover, including features linked to E-P specificity and tissues-specific regulation, will interest a very broad community studying genome regulation.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques biologie du développement
- sciences naturelles sciences biologiques génétique chromosome
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2023-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
69117 Heidelberg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.