Projektbeschreibung
Entschlüsselung der Genregulation
Gen-Enhancer sind wichtig für die Regulierung der räumlichen und zeitlichen Genexpression, die für die Gewebedifferenzierung und Zelltypdiversifizierung essenziell ist. Wie diese Enhancer die Promoter der Zielgene erkennen und mit ihnen interagieren ist jedoch weiterhin unklar. Unterstützt über die Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen soll dieses Rätsel im Projekt DEPI mit Nuclear-Titrated (NuTi) Capture-C gelöst werden, einem genomweiten Verfahren zur Kartierung der Enhancer-Promoter-Interaktionen (EPI) mit hoher Auflösung. Die Forschenden werden einen riesigen Datensatz mit mehr als 16 000 Promotern in verschiedenen Entwicklungsstadien von Drosophila-Embryonen analysieren, um einen Atlas der gewebe- und stadienspezifischen EPI zu erstellen. Über Genomikdatensätze werden Eigenschaften aufgedeckt, die für die Enhancer-Promoter-Spezifizität wichtig sind, und Faktoren bestimmt, die diese Interaktionen regulieren. Das Ergebnis wird eine webbasierte Ressource für die breitere Forschungsgemeinschaft zur Genomregulierung sein.
Ziel
Enhancers control spatio-temporal gene expression, which is central to the diversification of cell-types and tissue differentiation. Enhancers can be located in close proximity to, or distally from, their target genes promoters, including in introns of non-cognate genes. To regulate gene expression, distal enhancers (E) must come into proximity to interact with their promoters (P) through folding/looping of the intervening DNA. How enhancers identify and regulate their specific target gene remains poorly understood and is subject of this proposal. Chromosome conformation capture based techniques such as Nuclear-Titrated (NuTi) Capture-C are powerful tools for the genome-wide investigation of enhancerpromoter proximity/interactions (EPIs) at sub-kilobase resolution. This project aims to uncover general features of EPIs by measuring and characterizing EPIs using NuTi Capture-C across many different developmental stages and tissues during Drosophila embryogenesis. I will analyze a massive Capture-C dataset already generated by host lab, capturing interactions from 16,663 genes promoters each at eight different conditions (with four replicates), thereby providing unprecedented scale and resolution. I will integrate this Capture-C resource with multiple genome-wide datasets (gene expression, histone marks and chromatin accessibility) from the host lab and others. The analysis of this comprehensive EPIs atlas will link enhancers to promoters (genome-wide), characterize features driving E-P specificity and potentially identify novel factors involved in their establishment. This new view of tissue- and developmental stage- specific EPIs will serve as a unique resource that we will share through a user-friendly web-based portal to a large community using this important model organism. The biological insights that we uncover, including features linked to E-P specificity and tissues-specific regulation, will interest a very broad community studying genome regulation.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Entwicklungsbiologie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Chromosom
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2023-PF-01
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
69117 Heidelberg
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.