Descrizione del progetto
Decodificare la regolazione genica
Gli enhancer genici hanno un ruolo importante nella regolazione dell’espressione genica spazio-temporale, che è essenziale per la differenziazione dei tessuti e la diversificazione dei tipi di cellule. Tuttavia, il modo in cui questi enhancer identificano e interagiscono con i promotori dei loro geni bersaglio è poco conosciuto. Con il sostegno del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto DEPI sta cercando di svelare questo mistero usando Nuclear-Titrated (NuTi) Capture-C, una tecnica che mappa le interazioni enhancer-promotore (IEP) ad alta risoluzione dell'intero genoma. Analizzando un vasto set di dati di oltre 16 000 promotori genici in diversi stadi di sviluppo degli embrioni di Drosophila, il gruppo di ricerca intende costruire un atlante di IEP specifiche per ogni tessuto e stadio. Integrando set di dati genomici, il progetto scoprirà le caratteristiche che determinano la specificità E-P e identificherà i fattori che regolano queste interazioni, creando una risorsa online per la comunità di regolazione del genoma.
Obiettivo
Enhancers control spatio-temporal gene expression, which is central to the diversification of cell-types and tissue differentiation. Enhancers can be located in close proximity to, or distally from, their target genes promoters, including in introns of non-cognate genes. To regulate gene expression, distal enhancers (E) must come into proximity to interact with their promoters (P) through folding/looping of the intervening DNA. How enhancers identify and regulate their specific target gene remains poorly understood and is subject of this proposal. Chromosome conformation capture based techniques such as Nuclear-Titrated (NuTi) Capture-C are powerful tools for the genome-wide investigation of enhancerpromoter proximity/interactions (EPIs) at sub-kilobase resolution. This project aims to uncover general features of EPIs by measuring and characterizing EPIs using NuTi Capture-C across many different developmental stages and tissues during Drosophila embryogenesis. I will analyze a massive Capture-C dataset already generated by host lab, capturing interactions from 16,663 genes promoters each at eight different conditions (with four replicates), thereby providing unprecedented scale and resolution. I will integrate this Capture-C resource with multiple genome-wide datasets (gene expression, histone marks and chromatin accessibility) from the host lab and others. The analysis of this comprehensive EPIs atlas will link enhancers to promoters (genome-wide), characterize features driving E-P specificity and potentially identify novel factors involved in their establishment. This new view of tissue- and developmental stage- specific EPIs will serve as a unique resource that we will share through a user-friendly web-based portal to a large community using this important model organism. The biological insights that we uncover, including features linked to E-P specificity and tissues-specific regulation, will interest a very broad community studying genome regulation.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biologia dello sviluppo
- scienze naturali scienze biologiche genetica cromosomi
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2023-PF-01
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
69117 Heidelberg
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.