Descripción del proyecto
Secuenciación de genomas de megafauna extinguida para comprender la extinción de las especies
Las variantes estructurales, grandes reordenaciones genómicas, desempeñan un papel crucial en la función y la aptitud de los genes. Sin embargo, debido a las dificultades técnicas, siguen sin estudiarse lo suficiente en las especies extinguidas. Mientras que las investigaciones anteriores se centraban principalmente en los polimorfismo de nucleótido único, los recientes avances en la secuenciación de lectura larga han hecho factible y asequible el análisis de variantes estructurales en organismos no modelo. El equipo del proyecto GENOMICIDE, financiado por el CEI, aprovechará estas tecnologías de secuenciación de vanguardia para descifrar genomas antiguos de megafauna extinguida de finales del Pleistoceno. Mediante la generación de datos genómicos de alta calidad, en el proyecto se intenta descubrir cómo evolucionaron las variantes estructurales bajo una mayor deriva genética y menores presiones de selección. Esta investigación arrojará luz sobre los factores genéticos críticos que influyeron en la diversidad, adaptación, supervivencia y eventual extinción de las especies.
Objetivo
In this proposal, I seek to quantify the impact of structural variants on species genome diversity and extinction by sequencing ancient genomes of extinct megafauna. Structural variants are large genomic rearrangements capable of significantly affecting gene function and fitness. While in previous work I have investigated the genomes of extinct species at the single nucleotide polymorphism (SNP) level, the accurate identification of structural variants has been hampered by molecular and computational challenges, thus impeding their incorporation into genomic extinction research. Recent advancements in long-read sequencing technologies have led to considerable improvements in accuracy and affordability, making it feasible to characterize structural variants at population level scale in non-model organisms. Despite the fragmented nature of ancient DNA, our preliminary results show that millions of ancient DNA sequences exceeding 500 basepairs in length can be obtained from extraordinarily well-preserved samples. This project capitalizes on these samples, combined with state-of-the-art sequencing technologies, to recover high-quality long-read sequencing data from ancient specimens and subsequently reconstruct extinct genomes de-novo. Focussing on megafaunal that went extinct during the late Pleistocene, this project will examine the evolution of structural variants under scenarios of increased genetic drift and reduced selection at unprecedent resolution. Moreover, the project will pioneer the direct quantification of within-species structural variant changes through time, and provide new insights into genetic variants within previously unassembled genomic segments. By expanding our understanding of the genetic role of structural variants on extinction events, we will contribute valuable insights into the genetic determinants beyond SNPs that influence species diversity, adaptations, survival and eventual extinction.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) ERC-2024-STG
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
SE 114 18 Stockholm
Suecia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.