Descrizione del progetto
Sequenziare i genomi di megafauna estinta per comprendere l’estinzione delle specie
Le varianti strutturali, ovvero riarrangiamenti genomici di grandi dimensioni, svolgono un ruolo cruciale nella funzione e nell’idoneità genetiche, ma non sono state ancora studiate adeguatamente nelle specie estinte a causa di difficoltà tecniche. Mentre le ricerche precedenti si sono concentrate per lo più sui polimorfismi a singolo nucleotide, i recenti progressi compiuti nel sequenziamento a lettura lunga hanno reso fattibile e accessibile l’analisi delle varianti strutturali in organismi non modello. Il progetto GENOMICIDE, finanziato dal CER, sfrutterà queste tecnologie di sequenziamento all’avanguardia per decodificare antichi genomi di megafauna estinta del tardo Pleistocene. Generando dati genomici di alta qualità, il progetto si propone di scoprire come le varianti strutturali si siano evolute in condizioni di maggiore deriva genetica e ridotta pressione di selezione. Questa ricerca farà luce sui fattori genetici determinanti che hanno influito sulla diversità, l’adattamento, la sopravvivenza e la successiva estinzione delle specie.
Obiettivo
In this proposal, I seek to quantify the impact of structural variants on species genome diversity and extinction by sequencing ancient genomes of extinct megafauna. Structural variants are large genomic rearrangements capable of significantly affecting gene function and fitness. While in previous work I have investigated the genomes of extinct species at the single nucleotide polymorphism (SNP) level, the accurate identification of structural variants has been hampered by molecular and computational challenges, thus impeding their incorporation into genomic extinction research. Recent advancements in long-read sequencing technologies have led to considerable improvements in accuracy and affordability, making it feasible to characterize structural variants at population level scale in non-model organisms. Despite the fragmented nature of ancient DNA, our preliminary results show that millions of ancient DNA sequences exceeding 500 basepairs in length can be obtained from extraordinarily well-preserved samples. This project capitalizes on these samples, combined with state-of-the-art sequencing technologies, to recover high-quality long-read sequencing data from ancient specimens and subsequently reconstruct extinct genomes de-novo. Focussing on megafaunal that went extinct during the late Pleistocene, this project will examine the evolution of structural variants under scenarios of increased genetic drift and reduced selection at unprecedent resolution. Moreover, the project will pioneer the direct quantification of within-species structural variant changes through time, and provide new insights into genetic variants within previously unassembled genomic segments. By expanding our understanding of the genetic role of structural variants on extinction events, we will contribute valuable insights into the genetic determinants beyond SNPs that influence species diversity, adaptations, survival and eventual extinction.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2024-STG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
SE 114 18 Stockholm
Svezia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.