Opis projektu
Sekwencjonowanie genomów wymarłej megafauny, aby zrozumieć wymieranie gatunków
Warianty strukturalne – duże rearanżacje genomowe – odgrywają niezwykle istotną rolę w funkcjonowaniu i dostosowaniu genów, jednak z powodu wyzwań technicznych zagadnienie to nie zostało dotąd dostatecznie zbadane w odniesieniu do wymarłych gatunków. Wcześniejsze badania w dużej mierze koncentrowały się na polimorfizmach pojedynczych nukleotydów, aczkolwiek dzięki ostatnim osiągnięciom w dziedzinie sekwencjonowania długich odczytów analiza wariantów strukturalnych u organizmów niemodelowych stała się wykonalna i niedroga. Z tego względu zespół finansowanego przez Europejską Radę ds. Badań Naukowych projektu GENOMICIDE zamierza wykorzystać te najnowocześniejsze technologie sekwencjonowania do poznania pradawnych genomów wymarłej megafauny z późnego plejstocenu. Dzięki opracowaniu wysokiej jakości danych genomicznych projekt umożliwi odkrycie, w jaki sposób warianty strukturalne ewoluowały w warunkach zwiększonego dryfu genetycznego i zmniejszonej presji selekcyjnej. Badania te rzucą więcej światła na najważniejsze czynniki genetyczne, które wpłynęły na różnorodność, przystosowanie, przetrwanie, a ostatecznie – także na wyginięcie gatunków.
Cel
In this proposal, I seek to quantify the impact of structural variants on species genome diversity and extinction by sequencing ancient genomes of extinct megafauna. Structural variants are large genomic rearrangements capable of significantly affecting gene function and fitness. While in previous work I have investigated the genomes of extinct species at the single nucleotide polymorphism (SNP) level, the accurate identification of structural variants has been hampered by molecular and computational challenges, thus impeding their incorporation into genomic extinction research. Recent advancements in long-read sequencing technologies have led to considerable improvements in accuracy and affordability, making it feasible to characterize structural variants at population level scale in non-model organisms. Despite the fragmented nature of ancient DNA, our preliminary results show that millions of ancient DNA sequences exceeding 500 basepairs in length can be obtained from extraordinarily well-preserved samples. This project capitalizes on these samples, combined with state-of-the-art sequencing technologies, to recover high-quality long-read sequencing data from ancient specimens and subsequently reconstruct extinct genomes de-novo. Focussing on megafaunal that went extinct during the late Pleistocene, this project will examine the evolution of structural variants under scenarios of increased genetic drift and reduced selection at unprecedent resolution. Moreover, the project will pioneer the direct quantification of within-species structural variant changes through time, and provide new insights into genetic variants within previously unassembled genomic segments. By expanding our understanding of the genetic role of structural variants on extinction events, we will contribute valuable insights into the genetic determinants beyond SNPs that influence species diversity, adaptations, survival and eventual extinction.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Temat(-y)
System finansowania
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstytucja przyjmująca
SE 114 18 Stockholm
Szwecja