Descripción del proyecto
Transcriptómica espacial a través de la estructura espacial y la inteligencia artificial
Recientemente, la transcriptómica espacial (un conjunto de técnicas) ha permitido cuantificar la expresión del ARNm de un gran número de genes preservando el contexto espacial de los tejidos y las células, gracias a varios avances tecnológicos. Este desarrollo es crucial para estudiar procesos nuevos, la organización espacial de los tejidos y diversas enfermedades que presentan una organización espacial anormal dentro de los tejidos. El equipo del proyecto SPECOLA, financiado por el CEI, combinará la transcriptómica con datos de morfología y estructura espacial para mejorar los procesos analíticos. También mejorará la interpretación de datos basados en imágenes, definirá mejor los tipos y estados celulares mediante inteligencia artificial (IA) y modelos estadísticos, y desarrollará un marco inferencial para modelizar transcripciones de células y muestras.
Objetivo
In recent years technological advances have made it possible to quantify the mRNA expression of large numbers of genes while preserving the spatial context of tissues and cells. These techniques, collectively known as spatial transcriptomics, are important because key biological processes depend on the physical proximity of cells and the spatial organization of tissues. Furthermore, several diseases are characterized by abnormal spatial organization within tissues.
Despite its early age, spatial transcriptomics is rapidly becoming a widely used tool, complementing single-cell RNA-seq as the tool of choice to study gene expression in complex tissues, e.g. in cancer research and neurobiology. In addition to the gene expression measurements and the spatial localization of transcripts, available data include images collected from the samples that can be used to learn cell-level and tissue-level morphological features. The main objective of this proposal is to combine transcriptomics, spatial structure, and morphology data to better inform key spatial transcriptomics analytical steps.
Specifically, we will:
- Enhance the comprehension of imaging-based spatial transcriptomics data by a characterization of the statistical properties of the data and a mechanistic modeling of the in situ transcriptional measurements.
- Combine imaging and tabular data to better define cell types and states through the use of statistical models and artificial intelligence.
- Develop an inferential framework to model the localization of transcripts within and across cells and of cells within and across samples.
Overall, this proposal will combine machine learning and artificial intelligence approaches with rigorous statistical modeling of transcriptomics data in a spatial, sub-cellular context. This will ultimately serve the biomedical community and provide a suite of tools that will help pave the way towards personalized medicine and computer-assisted pathology.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas neurobiología
- ciencias médicas y de la salud medicina clínica oncología
- ciencias médicas y de la salud medicina básica patología
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) ERC-2024-COG
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
35122 PADOVA
Italia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.