Description du projet
Transcriptomique spatiale grâce à la structure spatiale et à l’IA
Récemment, la transcriptomique spatiale (un ensemble de techniques) a permis de quantifier l’expression de l’ARNm d’un grand nombre de gènes tout en préservant le contexte spatial des tissus et des cellules, grâce à plusieurs avancées technologiques. Ce développement est crucial pour l’étude de nouveaux processus, de l’organisation spatiale des tissus et de diverses maladies qui présentent une organisation spatiale anormale au sein des tissus. Le projet SPECOLA, financé par le CER, combinera la transcriptomique avec des données sur la morphologie et la structure spatiale afin d’améliorer les processus analytiques. Il permettra également d’améliorer l’interprétation des données d’imagerie, de mieux définir les types et les états cellulaires à l’aide de l’IA et de modèles statistiques, ainsi que de développer un cadre déductif pour la modélisation des transcriptions à partir de cellules et d’échantillons.
Objectif
In recent years technological advances have made it possible to quantify the mRNA expression of large numbers of genes while preserving the spatial context of tissues and cells. These techniques, collectively known as spatial transcriptomics, are important because key biological processes depend on the physical proximity of cells and the spatial organization of tissues. Furthermore, several diseases are characterized by abnormal spatial organization within tissues.
Despite its early age, spatial transcriptomics is rapidly becoming a widely used tool, complementing single-cell RNA-seq as the tool of choice to study gene expression in complex tissues, e.g. in cancer research and neurobiology. In addition to the gene expression measurements and the spatial localization of transcripts, available data include images collected from the samples that can be used to learn cell-level and tissue-level morphological features. The main objective of this proposal is to combine transcriptomics, spatial structure, and morphology data to better inform key spatial transcriptomics analytical steps.
Specifically, we will:
- Enhance the comprehension of imaging-based spatial transcriptomics data by a characterization of the statistical properties of the data and a mechanistic modeling of the in situ transcriptional measurements.
- Combine imaging and tabular data to better define cell types and states through the use of statistical models and artificial intelligence.
- Develop an inferential framework to model the localization of transcripts within and across cells and of cells within and across samples.
Overall, this proposal will combine machine learning and artificial intelligence approaches with rigorous statistical modeling of transcriptomics data in a spatial, sub-cellular context. This will ultimately serve the biomedical community and provide a suite of tools that will help pave the way towards personalized medicine and computer-assisted pathology.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques neurobiologie
- sciences médicales et de la santé médecine clinique oncologie
- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale pathologie
Vous devez vous identifier ou vous inscrire pour utiliser cette fonction
Nous sommes désolés... Une erreur inattendue s’est produite.
Vous devez être authentifié. Votre session a peut-être expiré.
Merci pour votre retour d'information. Vous recevrez bientôt un courriel confirmant la soumission. Si vous avez choisi d'être informé de l'état de la déclaration, vous serez également contacté lorsque celui-ci évoluera.
Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
-
HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2024-COG
Voir tous les projets financés au titre de cet appelInstitution d’accueil
La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
35122 PADOVA
Italie
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.