Descrizione del progetto
Biomarcatori di tRNA per la diagnosi del cancro
Nelle cellule tumorali, la disregolazione degli RNA di trasferimento (tRNA) e delle loro modifiche influenza la traduzione delle proteine oncogeniche. Nonostante questo legame, i tRNA rimangono poco utilizzati come marcatori diagnostici o prognostici a causa dell’assenza di metodi di quantificazione semplici ed economici. Il progetto tRNADiagnostics, finanziato dall’UE, affronta questa lacuna di conoscenza con l’innovativo Nano-tRNAseq, che tramite il sequenziamento di nanopori di tRNA nativi misura con precisione le abbondanze e le modifiche di tRNA, con costi di sequenziamento estremamente ridotti rispetto a quelli tradizionali. Questo metodo, combinato con algoritmi di apprendimento profondo per una rapida classificazione del segnale, è promettente per distinguere i campioni cancerosi e identificare il loro tessuto di origine. Il progetto si propone di convalidare questa tecnologia per le biopsie liquide, aprendo la strada ad applicazioni cliniche e a una potenziale commercializzazione.
Obiettivo
Transfer RNAs (tRNAs) are abundant, heavily-modified small non-coding RNAs that play a pivotal role in decoding genetic information, determining which transcripts are highly and poorly translated at a given moment. Dysregulation of tRNA abundances and tRNA modifications is a well-known feature in cancer cells, leading to enhanced translation of specific oncogenic proteins. Despite the well-established association between tRNA dysregulation and cancer progression and malignancy, tRNA abundances and their modifications are still not being used as diagnostic or prognostic markers for cancer detection or progression, mainly due to the lack of a simple, unbiased and cost-effective method to quantify tRNA abundances and their modifications. Our laboratory has recently established Nano-tRNAseq, a pioneering method that can accurately quantify both tRNA abundances and tRNA modifications using native tRNA nanopore sequencing, for a fraction of the cost of next-generation sequencing-based approaches. By employing a proprietary Nano-tRNAseq nanopore library preparation protocol coupled with deep learning algorithms that will rapidly classify the nanopore current signals, here we aim to establish a method that exploits tRNAs as novel biomarkers through the use of third generation sequencing technologies. We have initial evidence of how our approach can separate cancer from non-cancer samples and possibly be used to identify the tissue of origin. In this project, we will fully validate our technological platform for the differential analysis of low-input RNA amounts in liquid biopsy samples. We will initially apply our method in the cancer arena, expandable to many other indications, following the advice of key stakeholders contacted so far, with the goal of laying the basis for the transfer of our technology to the marketplace, including through the creation of a new start-up company.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze mediche e della salute medicina clinica oncologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2024-POC
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
08003 Barcelona
Spagna
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.