Objetivo
Bioactivity and ligand binding remain central topics for understanding protein function, for drug discovery and toxicology. Mass spectrometry (MS) allows to detect thousands of small molecules in a biological sample with a single experimental run. Compound annotation is carried out using tandem MS. I will develop machine learning models that predict whether a query small molecule has a certain bioactivity or is binding to a certain protein, where the only information we have about the query molecule is its tandem mass spectra. The identity and molecular structure of the query small molecule is unknown; it is unknown to the models, to me, and potentially even to mankind. Clearly, bioactivity and binding are two flavors of the same problem, and the differentiation is solely driven by the available training data. Notably, elucidating the structure of the small molecule is not the focus of the project, and may be postponed until after experimental confirmation. Models will not predict one particular bioactivity or protein binding, but rather tens in parallel. Evolution has, through variation and selection, optimized the structure of small molecules for tasks such as communication and warfare, and the pool of natural products is enriched with bioactive compounds. My project will allow to harvest the information.
I will apply my models at a repository scale, screening millions of tandem MS spectra in thousands of datasets for small molecules that are most likely to have bioactivity or to bind. I will also make my methods available through our well-established SIRIUS platform, allowing users to derive information about bioactivity without the need of additional experiments. I will enable the worldwide community to hunt for drug leads or unknown toxic compounds, without the need of additional experiments or computational analyses. Finally, being able to find small molecules that bind to a protein can provide helpful information to understand protein function.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias médicas y de la salud medicina básica toxicología
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) ERC-2024-ADG
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
07743 JENA
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.