Description du projet
Analyser les spectres de masse en tandem pour détecter les composés bioactifs et les cibles protéiques
La liaison aux protéines est un facteur clé de la bioactivité d’un composé, qui détermine s’il se comportera comme un agent thérapeutique ou comme une toxine. Les petites molécules inconnues présentes dans les échantillons biologiques sont identifiées par l’annotation des composés à l’aide de la spectrométrie de masse (SM) en tandem. Le projet BindingShadows, financé par le CER, va développer des modèles d’apprentissage automatique qui prédisent si une petite molécule inconnue est bioactive ou se lie à une protéine spécifique sur la base des spectres de masse en tandem de la molécule. Il appliquera ensuite ces modèles au criblage de millions de spectres de masse en tandem dans les ensembles de données disponibles. Ces méthodes seront partagées par le biais d’une plateforme où les utilisateurs pourront obtenir des informations sur la bioactivité sans devoir recourir à des analyses informatiques ou expérimentales supplémentaires.
Objectif
Bioactivity and ligand binding remain central topics for understanding protein function, for drug discovery and toxicology. Mass spectrometry (MS) allows to detect thousands of small molecules in a biological sample with a single experimental run. Compound annotation is carried out using tandem MS. I will develop machine learning models that predict whether a query small molecule has a certain bioactivity or is binding to a certain protein, where the only information we have about the query molecule is its tandem mass spectra. The identity and molecular structure of the query small molecule is unknown; it is unknown to the models, to me, and potentially even to mankind. Clearly, bioactivity and binding are two flavors of the same problem, and the differentiation is solely driven by the available training data. Notably, elucidating the structure of the small molecule is not the focus of the project, and may be postponed until after experimental confirmation. Models will not predict one particular bioactivity or protein binding, but rather tens in parallel. Evolution has, through variation and selection, optimized the structure of small molecules for tasks such as communication and warfare, and the pool of natural products is enriched with bioactive compounds. My project will allow to harvest the information.
I will apply my models at a repository scale, screening millions of tandem MS spectra in thousands of datasets for small molecules that are most likely to have bioactivity or to bind. I will also make my methods available through our well-established SIRIUS platform, allowing users to derive information about bioactivity without the need of additional experiments. I will enable the worldwide community to hunt for drug leads or unknown toxic compounds, without the need of additional experiments or computational analyses. Finally, being able to find small molecules that bind to a protein can provide helpful information to understand protein function.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale toxicologie
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2024-ADG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
07743 JENA
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.