Description du projet
Relier la dynamique de croissance à la production de métabolites secondaires chez les bactéries du sol
Les métabolites secondaires (MS) bactériens sont des antimicrobiens précieux. Cependant, leur découverte est lente en raison de la résistance rapide et de la compréhension limitée du moment de leur production chez différentes bactéries. Avec le soutien du programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet GROWMETA révélera comment la dynamique de production de MS dans les milieux naturels et en laboratoire est liée aux taux de croissance et aux changements transcriptomiques des bactéries du sol. L’équipe mènera une expérience de réhumidification chronologique sur une biocroûte du désert du Néguev, qui sert de modèle pour la diversité réduite des sols. Le projet utilisera des sondages isotopiques stables quantitatifs, la métagénomique et la métatranscriptomique à différents moments pour déterminer les taux de croissance spécifiques et les profils d’expression des génomes assemblés par métagénome. Les résultats devraient permettre d’améliorer les processus de découverte dans le domaine.
Objectif
Bacterial secondary metabolites are highly valuable to humanity as antimicrobials. However, the antimicrobial discovery rate has been lagging behind rapid resistance development. Our lack of knowledge about when and why different taxa produce secondary metabolites is a major source of difficulty in the discovery process. Studies on Actinomycetes in batch culture have shown that secondary metabolites tend to be produced in stationary phase, but evidence suggests that production dynamics are different in other phyla as well as in situ. The goal of this project is to understand how in situ and in vitro SM production dynamics relate to growth rate and transcriptomic changes in soil bacteria. To achieve this, I will conduct a time-series rewetting experiment on a Negev desert biocrust as a model system of soil with reduced diversity. I will apply quantitative stable isotope probing metagenomics and metatranscriptomics to each timepoint to obtain a specific growth rate and expression profile for each metagenome-assembled genome. I will supplement the in situ data with in vitro expression studies in isolates. Together, this will allow me to assess how growth rate & phase, expression of other pathways, and the soil environment impact secondary metabolite biosynthetic gene cluster expression. The results of this project will give unprecedented insights into the dynamics of secondary metabolite production, challenge long-held assumptions, and ultimately lead to improved discovery pipelines.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie bactériologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1010 Wien
Autriche
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.