Descripción del proyecto
Un estudio más detallado de la identidad celular en el genoma de vertebrados
La complejidad del genoma de los vertebrados dificulta que, pese a tener decenas de miles de genes, solo se desarrollen unos pocos tipos celulares estables. Aún no se sabe cómo se determina la formación de estos tipos celulares. La expresión génica está controlada por elementos reguladores con una gran importancia, pero están menos conservados que los propios genes y pueden encontrarse en zonas alejadas del genoma. En el proyecto EvoDCode, que cuenta con el apoyo de las acciones Marie Skłodowska-Curie, se examinará cómo las secuencias genómicas determinan la identidad celular en el palio de los vertebrados. Mediante el empleo de técnicas punteras de secuenciación de célula única y modelos de aprendizaje automático, el equipo del proyecto se propone delinear los elementos reguladores y su función en tipos celulares conservados y específicos de cada especie. Esta labor ofrecerá nuevos conocimientos para la biología evolutiva y las aplicaciones terapéuticas.
Objetivo
Vertebrate genomes consist of tens of thousands of genes and yet they produce only a limited number of stable cell types. Our understanding of how cell types are encoded in the genome is still lacking. The expression of genes is controlled by gene regulatory elements, which are evolutionarily much less conserved than genes are and can be located far away in the genome. My main goal is to better understand how the genomic sequence underlies cell identity in the pallium across vertebrate species and I hypothesize that gene regulatory logic can be directly learned from the genomic sequence and used to predict cell types. Recent advances in the field of single cell sequencing have made the generation of large epigenomic datasets possible, while novel machine learning models like DNA language models are providing unprecedented insights into the regulatory logic of the genome. In addition, for many non-model species high quality reference genomes are becoming available as there is an increased awareness for the need to preserve biodiversity.
I will conduct single cell multiome sequencing, supplemented with low-cost single-cell ATAC-seq using the HyDrop platform - developed in the host-lab - to profile regulatory elements across cell types in the pallium from multiple species, including mammals, birds, lizards and fish. My experience in generating and annotating single cell data from the brain will aid in the analysis and alignment of the generated datasets. Next, I will use this data to study the relationships between the genome of a species and the identified cell types by training species-aware DNA language models and using these models to identify species-specific and conserved regulatory logic. These models will not only be interesting from an evolutionary perspective, but also aid in ongoing efforts to develop synthetic enhancers used to target highly specific cell types, which can be applied in many therapeutic applications.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias biológicas ecología ecosistemas
- ciencias naturales ciencias biológicas zoología mamalogía
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
9052 ZWIJNAARDE - GENT
Bélgica
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.